RHIppocrate le 27/9 : le partage des données de santé

Les rencontres d’Hippocrate

Logo rencontres d'HippocrateLa prochaine « Rencontre d’Hippocrate » aura lieu le mardi 27 septembre 2016,

sur le thème «le partage des données de santé»

Conférence prononcée par Marie-France MAMZER, PU-PH éthique et médecine légale, faculté de médecine Paris Descartes.

La conférence aura lieu dans l’amphithéâtre Frézal (15, rue de l’École-de-Médecine, site des Cordeliers, 2e étage) de 18h à 20h30. Elle sera filmée puis mise en ligne à l’adresse suivante.

L’accès à ces rencontres est libre et ne nécessite pas d’inscription.

Retrouvez le programme 2016-2017 et les vidéos des sessions précédentes en cliquant sur ce lien.

Vous pouvez également consulter les bibliographies élaborées par les BU de Paris Descartes en cliquant ici.

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Outils de communication scientifique : les résultats pour la France

InnoScholComm logo 550x550En 2015, nous avions relayé l’enquête menée par l’université d’Utrecht concernant les outils pour la communication scientifique utilisés par les chercheurs.

Tous les résultats (anonymisés) sont librement consultables et téléchargeables sur le site de l’étude (vive l’Open Data!). Une interface intuitive permet de manipuler aisément ces données pour des comparaisons immédiates.

Au niveau mondial, cette enquête a rencontré un vif engouement, avec plus de 20.000 participants.

La France est le 5e pays en nombre de réponses (1150 chercheurs).

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Une exploitation intéressante de ces chiffres a été mise en avant par l’European Association for Health Information and Libraries : il s’agit d’une extraction des 2.200 réponses émanant de l’Europe pour la discipline Médecine. Les résultats de cette vue particulière sont consultables via cette interface.

Malheureusement, dans cette discipline, la France n’est représentée que par 139 chercheurs (si l’on exclut les bibliothécaires et documentalistes qui pouvaient également répondre à l’enquête).

Ce faible nombre ne permet pas d’extrapoler des statistiques, d’autant que l’échantillon n’est en rien représentatif. Quelques chiffres notables néanmoins, sur ce panel restreint de 139 chercheurs français du secteur médical :

pubmed-4-300Sans surprise PubMed est plébiscité pour la recherche de littérature : 126 personnes déclarent l’utiliser. Viennent ensuite Google Scholar (104), Web of Science (36), Scopus (17), Mendeley (9) et Paperity (8), entre autres. Le même classement se retrouve à peu près au niveau européen.

Une fois les références trouvées, les chercheurs y accèdent majoritairement par leur institution / leur bibliothèque (118), mais aussi via ResearchGate (45), des courriels envoyés aux auteurs (35), la consultation d’articles en Open Access (33), et l’achat direct sur les sites des éditeurs (13). L’Open Access Button, dont nous avons déjà parlé ici, est beaucoup plus utilisé dans les autres pays (3e position).

Les systèmes d’alerte et de recommandations sont relativement peu utilisés : Google Scholar (39), ResearchGate (28), PubMed (21), JournalTOCs (22), Mendeley (6), et les sites des revues elles-mêmes (4).

Pour analyser des données, le bon vieil Excel prévaut (97 répondants), suivi par R (33), SPSS (16), GraphPad ou StatView (14), MATLAB (9). Pas de surprise non plus pour l’écriture, avec Microsoft Word (132) puis notamment Google Drive (39) et LateX (14).

zoteroDu côté des logiciels de bibliographie, Zotero est en tête (63 utilisateurs), talonné par EndNote (53), puis Mendeley (10), Papers (6), ReadCube (3), JabRef (3). La situation est bien différente au niveau européen pour les chercheurs en médecine : Zotero est au 4e rang, derrière EndNote (largement en tête), Mendeley puis RefWorks.

Plusieurs outils sont cités pour l’archivage et le partage de publications : ReserchGate (39), PubMed Central (36), les répertoires institutionnels (25), le partage des notes de travail (22), arXiv (4). Le partage de données est encore balbutiant (8 répondants citent GitHub), idem pour les posters et les présentations (7 utilisateurs de Slideshare).

Le choix de la revue où publier repose encore grandement sur le facteur d’impact du JCR (en tête avec 39 répondants). Idem pour mesurer l’impact après publication : JCR/Facteur d’impact (43), Web of Science (30), Scopus (18), Altmetric (14), PLoS (10).

Pour communiquer en dehors du milieu académique, 25 répondants utilisent Twitter, 23 Wikipédia, 11 WordPress, 8 Facebook, LinkedIn ou bien Google+. Pour les profils de chercheurs, on retrouve la prépondérance de ResearchGate (55), Google Scholar (40), Orcid (23), les pages institutionnelles (20), et Academia (10). Même classement au niveau européen.

BAQuant au développement le plus important dans la communication scientifique au cours des années à venir, de nombreux répondants citent l’Open Access – soutenu par 110 d’entre eux (16 ne savent pas, 5 sont contre).

Tous ces chiffres, à manipuler avec précaution, donnent quand même des pistes sur les outils connus et utilisés, à défaut de pouvoir en tirer des généralités.

Une enquête nationale ciblant ces publics serait sans doute utile, pour mieux cerner les pratiques et les besoins, et y répondre au mieux en bibliothèque.

David Benoist

Coûts des abonnements : l’exemple finlandais

flag-of-finland-123273_960_720La nouvelle est passée relativement inaperçue, notamment en France : pour la première fois, un pays entier, la Finlande, a rendu public le montant des abonnements payés aux éditeurs scientifiques.

Cette divulgation inédite résulte d’une initiative menée notamment par Open Knowledge Finland (OKFFI) et rOpenGov.

Les données concernent la période 2010-2015, avec les montants réglés par les universités et institutions de recherche à 244 éditeurs – soit environ 22  millions d’euros par an. Les jeux de données sont téléchargeables et exploitables sous licence Creative Commons. Concrètement, ces chiffres sont difficilement exploitables en l’état, les coûts n’étant pas présentés de manière détaillée et uniforme suivant les établissements.

Une première analyse de ces données a été publiée par le site de rOpenGov (en anglais).

couts-finlandeUne telle initiative s’inscrit dans le cadre de l’Open Science et de l’Open Data, comme préconisé dans le plan d’action d’Amsterdam sur l’innovation en matière de science ouverte, dévoilé en avril dernier (cf. également le projet européen H2020). Questions également inscrites dans la nouvelle loi numérique, actuellement en cours de discussion en France (voir notre billet de septembre 2015 pour ses implications sur les articles scientifiques et les données de la recherche).

C’est une question cruciale dans une période où les bibliothèques connaissent des difficultés grandissantes pour s’abonner aux revues nécessaires à leurs lecteurs. Les prix des abonnements ne cessent d’augmenter (10% par an en moyenne pour 2010-2015 en Finlande), tandis que les budgets des bibliothèques stagnent ou diminuent.

Un site Web répertorie les informations partielles sur ces coûts qui étaient déjà disponibles pour différents pays (dont la France). Mais l’accès à ces données demeure difficile – comme le prouve cet exemple suisse d’un simple citoyen qui tente d’obtenir par voie de justice la communication de ces montants. Autant d’informations qui relèvent des politiques des consortia et des États qui négocient avec les vendeurs.

Un article au nom évocateur (en anglais), Opening the Black Box of Scholarly Communication Funding, milite pour la divulgation publique des sommes payées aux éditeurs.

Le développement de l’Open Access pourrait être l’une des solutions à cette problématique centrale pour la recherche. En Finlande, 18% des articles auraient été publiés en Open Access pour l’année 2014. La transition globale vers ce modèle pour ce pays étant estimée à 17 millions d’euros (à comparer aux 22 millions payés chaque année aux éditeurs).

Pourquoi un tel silence en France ?

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L’annonce officielle finlandaise avec le lien vers les données (en anglais)

Une première analyse de ces données par le site rOpenGov (en anglais)

Annonce (en français) sur le site Libre accès à l’information scientifique et technique

Interpellation citoyenne au Consortium des bibliothèques et BIS – billet du blog Publication scientifique, par Sylvie Vullioud (dont les prises de position ont largement inspiré notre texte)

Pour mémoire, la majorité des articles scientifiques dans le monde sont publiés par 5 maisons d’édition, présentant des marges annuelles de 30 à 40%. Se reporter aux Résultats financiers 2015 de l’édition scientifique, publiés par l’Eprist.

 

Open Access, Open Science et Open Data dans l’ESR

L’Association européenne des universités (EUA, qui représente plus de 800 universités de 47 pays) vient de publier une feuille de route sur l’Open Access.

euaCe document, annoncé en octobre 2015, est issu du travail du groupe d’experts de l’EUA sur l’Open Science.

L’objectif est de contribuer à la création d’un système de publication équilibré, où les coûts demeureraient raisonnables, tout en étant bénéfique pour les éditeurs et les chercheurs.

Ce document PDF de 4 pages (en anglais) énumère un certain nombre d’objectifs : favoriser le développement de l’Open Access, imaginer de nouveaux systèmes pour évaluer la recherche et les chercheurs, permettre le Text and Data Mining (TDM), poser la question des droits d’auteur

9 actions prioritaires sont envisagées, basées sur le dialogue et la collecte d’informations, des recommandations de bonne pratique et la mobilisation des différents intervenants du secteur.

Ce travail est réalisé en accord avec les objectifs du projet Horizon 2020 de la Commission européenne.

Voir également le document de l’EUA du 12 février 2016 (en anglais) qui prône une exception textmining universelle, et pas seulement pour la recherche (via @Dorialexander).

Open Data pour l’ESR

Parallèlement, le site Universities UK, le JISC et l’Open Data Institute ont publié un guide d’introduction à l’Open Data pour l’enseignement supérieur. Pour les professionnels de l’ESR désireux de mieux appréhender les enjeux de l’Open Data (avec des recommandations et des exemples).

En savoir plus

Le document de référence en anglais

Le guide d’introduction à l’Open Data

Le projet de loi pour une République numérique

Le gouvernement français travaille actuellement sur Le projet de loi pour une République numérique.

Et «pour la première fois, un texte législatif gouvernemental est soumis à une discussion publique ouverte et interactive en ligne, avant son envoi au conseil d’État et son adoption en conseil des ministres.»

Comme l’ont signalé plusieurs collègues bibliothécaires, dont le distingué Daniel Bourrion, de l’université d’Angers, plusieurs points du texte concernent directement la recherche et les publications scientifiques :

L’article 1 pour l’Open Data et l’ouverture des données publiques ;

L’article 8 sur les Communs et le domaine commun informationnel ;

L’article 9 sur l’accès aux travaux de la recherche financée par des fonds publics, avec tous les enjeux liés à l’Open Access ;

Vous avez jusqu’au 18 octobre pour proposer des amendements au texte ou simplement voter pour les suggestions les plus pertinentes (après la rapide création d’un compte en ligne).

À vous de jouer !

En savoir plus

Le site présentant le projet de loi

Le projet de loi in extenso

Le billet de blog de Daniel Bourrion

 

La BIU Santé adopte la Licence ouverte

La BIU Santé, le musée de l’école vétérinaire de Maisons-Alfort, le musée de l’AP-HP et le musée de Matière médicale placent désormais sous licence ouverte les documents du domaine public qu’ils diffusent dans la bibliothèque numérique Medic@ et dans la banque d’images et portraits.

Quelle conséquence pour vous ?

Medic@ offre 12.500 documents en texte intégral (plus de 3 millions de pages) et la banque d’images et de portraits 150.000 illustrations. Jusqu’à présent, la réutilisation de ces ressources n’était autorisée que pour un usage privé. Vous deviez nous demander l’autorisation de les reprendre pour une publication (papier ou en ligne) et nous vous faisions parfois payer une redevance d’utilisation.

Dorénavant, les documents du domaine public des institutions citées peuvent être exploités gratuitement, y compris dans le cadre d’un usage commercial, sous la seule condition de mentionner leur provenance. Vous n’avez donc plus à nous demander de permission pour réutiliser les documents accompagnés de l’icône licence ouverte (ci-contre).

Pourquoi ?

La question des droits d’exploitation des numérisations de documents tombés dans le domaine public a fait et fait encore l’objet d’un débat âpre et complexe.

D’une part, la loi dispose que lorsqu’un document est tombé dans le domaine public (dans beaucoup de cas 70 ans après la mort de l’auteur), il n’y a plus à demander ni à payer une autorisation pour le réutiliser.

D’autre part, la numérisation de ces documents coûte cher, les budgets sont limités, et les institutions sont fermement invitées par leurs tutelles à trouver des sources de financement. L’usage existe en outre de longue date de contrôler et de vendre les reproductions issues des collections publiques. Du point de vue de l’intérêt public, le tout gratuit, fréquent sur Internet, n’est d’ailleurs pas du tout une évidence : une institution qui tire des revenus de la vente de ses images peut les réinvestir pour produire un meilleur service (acquérir des objets, les entretenir, les mettre à disposition dans de bonnes conditions, etc.), ce qui est un bénéfice commun.

Allégorie de la BIU Santé s’apprêtant à libérer les documents du domaine public .

Notre décision d’ouvrir désormais l’usage de ces données s’appuie sur plusieurs raisons :

–       L’exigence d’une autorisation préalable à la réutilisation est une gêne pour les usagers et en contradiction avec les nouvelles pratiques du web social. Elle est d’ailleurs malaisée à faire respecter et ajoute une certaine injustice (les plus respectueux des usagers étaient pénalisés par rapport aux autres) ;

–       Les bénéfices que nous tirions des redevances d’utilisation ont toujours été modestes, alors que leur prélèvement occasionne des frais notables (facturation, etc.) ;

–       L’autorisation préalable limite la valorisation des collections ; nous attendons au contraire d’un usage ouvert une plus grande visibilité de nos fonds, et la recherche de cette visibilité est en conformité avec nos missions ;

–       Il est possible d’ailleurs que cette visibilité accrue des collections conduise les usagers à commander plus de reproductions, qui resteront payantes (demande d’images nouvelles, ou numérisations à la demande : EOD), ce qui limiterait le manque à gagner pour les établissements. À noter que pour des raisons d’espace de stockage et de bande passante, nous ne pouvons pas mettre en ligne les scans originaux en haute définition. La fourniture de ces fichiers, eux aussi sous licence ouverte, demeurera un service payant dans la plupart des cas.

Comment mentionner la provenance ?

La seule condition à la réutilisation est la mention de « paternité », car la provenance d’un document constitue souvent une partie de sa valeur. Nous vous invitons à indiquer pour ce faire l’institution où ils sont conservés : BIU Santé, musée de l’AP-HP, musée de l’ENVA ou musée de Matière médicale (voir la notice du document).

Un autre moyen prévu pour mentionner la provenance est de créer un lien entre l’image réutilisée et la notice du document (en utilisant de préférence l’adresse permanente que vous trouverez dans la notice, ou au bas de chaque page de Medic@). C’est un bon moyen que nous vous recommandons : en créant un lien, vous permettez à ceux qui consulteront l’image de retrouver toutes les informations qui concernent le document, et vous nous aidez aussi à faire connaître nos services et nos collections.

Aidez-nous à conserver, à numériser et à rendre disponibles les collections.

Les dons en argent peuvent bénéficier de réductions fiscales : pensez-y, notamment si vous utilisez nos ressources dans un but commercial.

Tous les documents ne sont pas sous licence ouverte

Ne soyez pas étonnés si des mentions de copyright demeurent encore quelque temps sur certaines de nos images : l’enlèvement de ces filigranes disgracieux ne pourra se faire en un jour, malgré nos efforts.

De plus, environ 500 documents de Medic@ et 12.000 illustrations de la banque d’images ne sont pas sous licence ouverte. Cela recouvre :

–       Des documents qui n’appartiennent pas au domaine public et que leurs ayants droit ont placé en accès gratuit, mais pour un usage personnel seulement ;

–       Des documents mis en ligne par des partenaires de la BIU Santé qui n’ont pas souhaité placer leurs documents sous licence ouverte ;

–       Une très petite quantité d’images sur lesquelles leurs photographes ont des droits de propriété intellectuelle.

Pour réutiliser ces documents, vous devez donc demander l’autorisation de l’institution ou des ayants droit. Les contacts sont mentionnés dans la page d’aide « Réutilisations » de Medic@ et de la banque d’images et de portraits.

Les documents concernés sont identifiés par l’icône ci-dessous :

Medic@ signale également l’existence de 75.000 documents d’autres bibliothèques numériques, qui ont leurs propres règles : référez-vous à leurs pages d’aide pour savoir quels sont vos droits.

Pour en savoir plus

– Le site de la licence Etalab ;

– Le dernier numéro (72) de la revue professionnelle Arabesques (gratuit en ligne) fait le point sur ces questions ;

Un billet de Calimaq, sur le blog S.I.Lex.

– Le 31 octobre prochain aura lieu une journée d’étude sur le domaine public à l’assemblée nationale.

Jean-François Vincent