Nouveau Pubmed : ce qu’il faut savoir

Peut-être certains et certaines d’entre vous ont pu le découvrir dès septembre 2019, ou encore avant sous le nom de Pubmed Labs : depuis mai dernier, Pubmed, le principal moteur de recherche en sciences biomédicales produite par la National Library of Medicine (NLM), s’est dotée d’une nouvelle interface et a fait évoluer plusieurs de ses fonctionnalités.

Nous présenterons ici les évolutions les plus significatives de la base de données. Toute l’équipe de la BIU Santé est par ailleurs sur le pont pour produire un tutoriel complet[1].

Une nouvelle interface

L’essentiel des modifications ont concerné l’interface de navigation de Pubmed :

  • La nouvelle interface de la base de données s’adapte automatiquement sur smartphone, tablette ou ordinateur.
  • L’affichage des résultats s’est amélioré : les mots-clefs recherchés sont maintenant surlignés en gras dans les résultats.
  • Il est possible d’afficher jusque 200 résultats par page.
  • L’affichage des articles et la navigation entre ceux-ci sont facilitées : vous pouvez passer rapidement d’un article à un autre à l’aide des flèches situées à droite ou à gauche (ou avec les flèches Prev et Next situées en bas de l’écran sur smartphone), et l’onglet « Articles similaires » est plus facile d’accès.
  • Il vous est également plus facile de naviguer au sein de la présentation d’un article via le menu de la colonne de droite.
  • L’accès au texte intégral des articles qui vous sont accessibles vous est proposé en haut à droite des notices des articles, via l’option « Full text link ».
  • La majorité des options et en particulier des filtres disponibles sont toujours accessibles dans le menu à gauche de l’écran. Une nouvelle option vous permet d’afficher et d’exporter le nombre de résultats publiés par année pour votre recherche.

    Ventilation des résultats par année pour une recherche sur « Down syndrome »

Cette nouvelle interface offre également de nouvelles options de citations d’articles et d’export de références :

  • Depuis la page de recherche, vous pouvez sélectionner plusieurs résultats pour les exporter vers le clipboard où ils seront conservés pendant 8 heures (avec le bouton Send to) ou produire un fichier qui contienne ces références bibliographiques (avec le bouton Save). Attention toutefois, le format RIS n’est plus pris en charge : l’export dans un logiciel de gestion bibliographique nécessite de passer par le format Pubmed.
  • L’option Cite (accessible dès la page de recherche) vous permet de récupérer la référence bibliographique d’un article selon la norme de votre choix (AMA, APA, MLA ou NLM).

 

De nouvelles modalités de recherche

Le projet initial du nouveau Pubmed est de répliquer dans la base de données des modes de recherche auxquels ses utilisateurs et utilisatrices ont l’habitude sur d’autres sites, en particulier sur les moteurs de recherche généralistes. Cette volonté se traduit par l’adoption d’un algorithme de présentation des résultats, le « Best match », sélectionné par défaut dans l’interface du nouveau Pubmed. En lieu et place du précédent mode d’affichage des références les plus pertinentes, qui recherchait la fréquence d’utilisation d’un mot-clef dans un titre, un abstract ou un article, le Best match s’appuie sur tout un ensemble de données pour ordonner les références : année de parution de la référence, type de publication, langue, etc. Ainsi remontent en premier les résultats les plus récents ou disposant du plus haut niveau de preuve (revues systématiques et méta-analyses). L’algorithme se veut par ailleurs évolutif selon les usages des utilisateurs de Pubmed.

Le bouton « Display options » vous permet de revenir à d’autres modes d’affichage des résultats, notamment par date de publication.

Outre l’implémentation de cet algorithme, la NLM a fait évoluer le fonctionnement même de la recherche sur Pubmed avec l’Automatic Term Mapping ou ATM. Lorsque vous recherchez un terme sur Pubmed, le moteur de recherche va automatiquement raccorder ce terme au mot-clef Mesh qui lui correspond ainsi qu’à tout un ensemble de synonymes : il s’agit du mapping. Ainsi, une recherche avec « cancer » va automatiquement mener au mot-clef « neoplasms ». Dans le cadre du nouveau Pubmed, cette recherche est maintenue étendue :

  • à davantage de variations et de synonymes : « cancer » mène toujours à « neoplasms » mais aussi à « cancerization », « cancerous », « canceration », etc.
  • aux pluriels des termes recherchés : tooth comprend teeth.
  • aux équivalents anglais et américains d’un même mot : « labor pain » recherche également « labour pain ».

 

Interprétation de la recherche « cancer » sur l’ancien Pubmed (gauche) et le nouveau Pubmed (droite)

Les règles de troncature ont également évolué :

  • Il n’y a maintenant plus de limite au nombre de variations recherchées avec une troncature (contre 600 variations maximum auparavant).
  • La troncature peut être utilisée avec des guillemets pour chercher les différentes variantes d’une expression figée : ainsi, « « occupational therap* » » pour trouver « occupational therapy » et « occupational therapists », etc.
  • Attention, l’utilisation d’une troncature doit être précédée d’au moins quatre caractères pour être reconnue.

Enfin, la refonte de Pubmed a permis d’améliorer la recherche avancée. Les anciennes options sont toujours disponibles : vous pouvez composer votre recherche à partir de votre historique ou en rentrant des requêtes spécifiques.

Désormais, vous pouvez aussi corriger à la volée les équations de recherche que vous composez ou y insérer les références collectées dans le clipboard.

L’historique de la recherche avancée donne également accès aux « Search details » qui vous renseignent sur la manière dont Pubmed a interprété vos requêtes.

La nouvelle interface de recherche avancée de Pubmed

 

Pourtant, la nouvelle version de Pubmed n’est pas totalement satisfaisante

Certains aléas découlent de la mise en place d’un nouveau moteur de recherche : ainsi des surinterprétations de requête et des résultats incohérents. Par exemple, si « assistive technology » mène bien au mot-clef Mesh « self help devices », « assistive game » renvoie à « dental assistants AND game ».

Par ailleurs, il est plus difficile qu’auparavant de savoir comment Pubmed a interprété vos recherches. Le « Search details » s’affichait auparavant sur la page de recherche, il est maintenant uniquement accessible dans les options de recherche avancée.

Le moteur de recherche et le fonctionnement du mapping sont encore destinés à évoluer à l’avenir : si vous détectez des erreurs ou des interprétations abusives, vous pouvez contacter la NLM via le « Help Desk ».

L’évolution de la recherche sur Pubmed a d’autres conséquences plus problématiques. Du fait de l’évolution du mapping et de la prise en charge de la troncature, une même équation de recherche utilisée sur l’ancien et le nouveau Pubmed ne renvoie plus au même nombre de résultats ni aux mêmes références. Que la différence soit marginale ou importante (et elle peut l’être : une recherche sur « haemorrhage » renvoie respectivement de 400 000 à près de 5 millions de résultats selon la version de Pubmed utilisée), elle pose un problème essentiel pour la reproduction des requêtes conçues sous l’ancienne interface.

Autre difficulté, la prise en compte des dates de publication par Pubmed[2]. A l’aide du filtre de date disponible dans la colonne de filtre ou du code de champ [DP], Pubmed permet théoriquement de retrouver l’ensemble des références parues entre deux périodes données. Le champ [DP] de chaque référence est toutefois renseigné différemment selon les publications : seule l’indication de l’année est obligatoire. Tous les résultats dotés d’une date de publication « 2020 » peuvent ainsi être captés par une recherche portant sur janvier 2020, y compris si leur publication effective est postérieure. Cela ne permet pas de disposer de résultats fiables en recherchant des publications parues sur une période précise, autrement qu’en interrogeant le champ Date de publication par années entières.

La nouvelle version de Pubmed s’avère plus efficiente et plus ergonomique si votre objectif est de faire des recherches rapides, à la volée, pour trouver une ou plusieurs références sur un sujet précis. Dans le même temps, les évolutions de la base de données mettent en péril la reproductibilité des recherches, garantie de la qualité des revues systématiques et méta-analyses : à ce jour, la même recherche réalisée sur l’ancienne et la nouvelle version de Pubmed ne donnera pas les mêmes résultats, et il est parfois difficile de savoir comment Pubmed interprète une requête complexe. Dans un cas comme dans l’autre, ces transformations nous invitent à repenser nos usages de la base de données. D’autres modifications sont encore à prévoir, en particulier l’intégration de la base Mesh et des options de compte MyNCBI dans le nouveau Pubmed.

[1] A noter que la précédente version de Pubmed, « Pubmed legacy », est accessible jusqu’au 31 octobre à cette adresse.

[2] Voir à ce sujet García-Puente, María ; Pastor-Ramon, Elena ; Agirre, Oskia ; Morán, José-María ; Herrera-Peco, Iván (2020). « Research note. Open letter to the users of the new PubMed: a critical appraisal ». Profesional de la información, v. 29, n. 3, e290336. https://doi.org/10.3145/epi.2020.may.36

 

Bibliothécaires confinés mais connectés

Pendant le confinement, les bibliothécaires en télétravail d’Université de Paris restent à votre disposition. A la BIU Santé, une équipe est mobilisée  pour vous aider dans les domaines qui sont les siens : médecine, pharmacie, odontologie, soins infirmiers, kinésithérapie, bref toutes les disciplines médicales et paramédicales… mais aussi l’histoire de la santé, le droit de la  santé, etc.

Le service de questions / réponses de la BIU Santé, Biuminfo, est gratuit et ouvert à tous, praticiens comme particuliers, universitaires ou non, étudiants ou non : en somme, tous ceux qui ont besoin de l’aide des bibliothécaires. Grâce aux catalogues en ligne, aux bases de données, spécialisées, aux moteurs de recherche, nous pouvons prendre en charge vos questions.

A noter :  Biuminfo est un service assuré par des bibliothécaires, pas des médecins. Il ne s’agit en aucun cas d’une téléconsultation médicale.

Depuis le début du confinement, BiumInfo a répondu à plus de 50 questions.

Voici quelques exemples de questions, telles que formulées par les lecteurs, et auxquelles nous avons répondu récemment :

  • Je réalise des recherches sur Rhodiola rosea dans le cadre de ma thèse et je ne trouve pas d’article qui mentionne la description botanique de la plante. Auriez-vous des ressources à me proposer?
  • Le thème de mon mémoire est l’évaluation du ressenti du médecin qui prend en charge un autre médecin dans le cadre de la maladie grave et du soin palliatif.
  • J’aimerais avoir des renseignements sur ce qui est appelé « minimal brain damage » ou dommage minimal cérébral, en neurologie pédiatrique. Est-ce qu’elle n’existait que dans les années 1970 ?  Est-ce qu’on n’entend plus la même chose actuellement à ce sujet qu’auparavant ? Est-ce que cette notion revient à « la mode » ?
  • J’aurais besoin d’une bibliographie sur le sujet suivant : la cinétique et plus précisément la cinétique du dosage des chaînes légères libres dans le myélome multiple.
  • Je vous contacte au sujet d’un article que je me prépare à écrire sur un travail que j’ai effectué. Il s’agit de la création d’un outil d’aide à la décision médicale partagée portant sur les infections urinaires basses simples (cystites simple) et permet de discuter avec les patientes de la prescription ou non d’antibiotique. J’aurais voulu avoir votre avis sur les revues qui seraient intéressées par le sujet selon vous. Notre objectif est de viser des revues internationales en anglais, avec un IF > 1
  • J’aimerais savoir si dans les années 1860, la médecine légale était en mesure de déterminer à partir de son cadavre si une femme avait eu des enfants.
  • Je fais une recherche sur un médecin neurologue qui a exercé quai Lamenais à Rennes en 1958, pouvez-vous me retrouver son nom ?
  • Pourriez-vous me préciser qui s’est présenté pour la chaire d’Histoire de la Médecine en 1911 ? Et quels en ont été (ou qui a été) titulaire(s) cette même année 1911 ?
  • J’aimerais savoir ce que l’on désignait par « avoir des clous » (au bras, à la jambe), au XVIIIeme siècle ? Est-ce accompagné de fièvre ? A quoi cela correspond-il ?
  • Je suis à la recherche d’informations médicales concernant Maurice VERDUN (1885-1968) notamment sur sa Thèse de Doctorat de Médecine, après des études médicales à Reims. Il a été interne de Paris (1908)  et après ? De même, avez-vous des informations concernant son cursus hospitalier ou des références concernant ses travaux scientifiques ultérieurs et ses publications
  • Je recherche la thèse de Christian Roudil soutenue à Rouen sous la présidence du Pr. Dailly Robert  dans les années fin 1960 début 1970

Mais nous n’avons pas toujours réponse à tout, et les questions suivantes sont restées sans réponse :

  • Can I order a reproduction (art print) of Leonardo da Vinci’s « Mona Lisa »?
  • J’ai une clinique et je veux qu’on travaille ensemble pour sauver la population.

Contactez-nous !

L’informateur médical, 1923 https://www.biusante.parisdescartes.fr/histmed/image?med100129x1923x0057

 

 

La Pharmacopée européenne à distance

Avec le lancement de la 10ème édition de la Pharmacopée européenne, l’accès au contenu en ligne a changé pour les étudiants, enseignants et chercheurs d’Université de Paris.

Il est désormais nécessaire que la bibliothèque vous crée un compte personnel pour accéder à la plateforme.
En raison du nombre limité de comptes qui peuvent être créés, les étudiants, enseignants et chercheurs en pharmacie d’Université de Paris sont prioritaires dans la création des comptes.

Pour demander un accès, envoyez un courrier électronique à info-pharma@biusante.parisdescartes.fr avec votre adresse institutionnelle (@parisdescartes.fr, @univ-paris-diderot.fr ou @u-paris.fr).

Vous recevrez un message automatique de la part de la Pharmacopée européenne vous demandant de suivre un lien pour créer votre compte.

Quatre informations sont obligatoires : Prénom, Nom, Organisation (Université de Paris), Pays.

Une fois les informations validées, vous recevrez un 2ème message pour la définition de votre mot de passe. Votre compte est ensuite valide et vous pouvez naviguer dans la Pharmacopée européenne.

Site de la Pharmacopée européenne

Archive de la Banque de données en santé publique (BDSP)

Suite à la fermeture du site de la Banque de données en santé publique, le 5 juillet 2019, une archive de la base documentaire BDSP a été créée en coopération entre l’Inist-CNRS et l’EHESP. Elle est hébergée par l’Inist–CNRS, sur une plateforme Vibad, et gérée par l’École des hautes études en santé publique (EHESP).

Elle est accessible librement à l’adresse suivante : https://bdsp-ehesp.inist.fr/.

Elle donne accès à l’ensemble des notices de référencement qui ont été collectées dans cette base depuis 1993 jusqu’en février 2019. Il s’agit ainsi d’environ 530 000 références produites par le réseau documentaire d’informations en santé publique BDSP pendant cette période.

Cette base couvre, pour cette période, une grande part de la littérature scientifique et technique française et étrangère en santé publique, sous diverses formes de documents : articles, ouvrages, thèses, mémoires, travaux académiques, rapports, actes de congrès et retours d’expérience. Un accès au texte intégral est proposé chaque fois que possible (pour environ 20% des références), sous la forme d’un PDF ou via un lien.

Le site permet des recherches simples, avancées ou expertes, au sein de la base.

Le site de l’archive permet également de consulter et télécharger le Thésaurus santé publique dans sa 5e et dernière version (TSP 5), datant d’octobre 2018, et de l’utiliser pour interroger la base.

Un bouton « Contact » donne accès à une messagerie. Nous attirons l’attention sur le fait que seuls seront traités les messages signalant un problème technique rencontré lors de la consultation de l’archive de la base documentaire ou du Thesaurus Santé Publique, ou les retraits de référencements de documents à la demande de leurs auteurs.

Dans le même temps, un travail a été réalisé par les équipes de l’Inist-CNRS permettant d’exposer sur la plateforme Loterre le thésaurus de santé publique TSP, après sa conversion en format SKOS. Cette exposition, outre de rendre le TSP visible et disponible à l’interrogation, permet également des alignements avec d’autres ressources terminologiques (par exemple : le MeSH, thésaurus des pathologies). Le lien vers le TSP sur Loterre : https://www.loterre.fr/skosmos/TSP/fr/.

Formation aux bases de données en médecine pour les bibliothécaires de santé

À la suite du succès de la formation «Bibliothèque de santé : environnement et ressources documentaires (initiation)», l’Urfist de Paris et la Bibliothèque interuniversitaire de Santé organisent une nouvelle édition du stage «Recherche documentaire en médecine : outils et ressources» dédié à la maîtrise des principales bases de données dans le domaine de la santé, les 24 et 25 juin 2019.

Grâce à cette formation, vous trouverez enfin des articles intéressants dans PubMed

Ce stage s’adresse exclusivement aux professionnels de l’information et de la documentation affectés en bibliothèque de santé (universitaire et hospitalière notamment).

Cette formation s’appuiera sur des travaux pratiques et insistera sur la manipulation des bases.

N’hésitez pas à consulter le programme et à vous inscrire à l’adresse suivante.

La première journée sera intégralement dédiée à PubMed, base de référence incontournable en médecine.

La deuxième journée sera consacrée aux autres outils de recherche et fera une large part au concept d’EBM (Evidence-Based Medicine) et aux principales bases du domaine.

Attention, le nombre de participants est limité à 12 en raison de la capacité de notre salle de formation. Les inscriptions sont d’ores et déjà ouvertes : ne tardez pas à vous inscrire !

Benjamin Macé

Aidons CISMeF, LiSSa et HeTOP

À la BIU Santé, nous utilisons quotidiennement les outils mis en place par le CHU de Rouen et les présentons en formation. Ils constituent un point d’accès indispensable aux ressources francophones en santé qui ne sont pas signalées dans les bases de données anglo-saxonnes. Ils permettent également de préparer une recherche en anglais à partir d’un sujet de recherche énoncé en français.

D’utilité publique, les bases CISMeF, LiSSa et HeTOP voient aujourd’hui leur pérennité remise en cause. Nous reproduisons ci-dessous le texte publié par le docteur Stéfan Darmoni, directeur scientifique du projet :

«Pour assurer un financement complémentaire des outils du Département d’Informatique et d’Information Médicales (D2IM), nous devons diversifier nos flux de financement et faire appel à la générosité de nos utilisateurs.

Nous sommes déterminés à conserver un accès en libre service à nos outils (CISMeFLiSSaHeTOP). Malheureusement, il n’est pas gratuit de les produire, tant en termes de contenant (les ingénieurs) que de contenu (les documentalistes), sans oublier le matériel informatique.

Pour nous soutenir, vous pouvez faire un don à la Fondation Charles Nicolle –  Normandie, reconnue d’utilité publique, qui nous permettra d’améliorer l’infrastructure matérielle pour continuer à vous proposer une information de qualité, la moins biaisée possible.»

Merci d’avance de votre générosité.

Pour soutenir CISMeF, LiSSa, HeTOP, cliquez ici.

Cette incertitude vient s’ajouter à la liste des outils gratuits qui disparaissent les uns après les autres faute de financement :

2011- fermeture de la base de données CTNERHI (handicap)

2013- fermeture de la base de données FNG (gérontologie)

2018- fermeture de Nosobase (infections nosocomiales)

2019- fermeture de la base documentaire BDSP (Santé Publique)

Cette situation est paradoxale à l’heure où les chercheurs sont incités à publier toujours plus : la recherche scientifique ne peut se passer de ressources ni de collections.

Fermeture de la BDSP

Peut-être certains d’entre vous ont-ils vu passer l’information sur les réseaux sociaux relative à l’annonce de la fermeture de la Banque de données en santé publique (BDSP).

En effet, depuis 2015, la situation est devenue complexe pour l’École des hautes études en santé publique à laquelle la BDSP est rattachée.

D’importants besoins de financement ont émergé, notamment pour faire face à l’obsolescence du portail de la BDSP. Un projet de refonte du site et des services de la BDSP a alors vu le jour sous le nom de BDSP+.

Au cours des deux dernières années, l’EHESP et la BDSP ont multiplié démarches et montage de dossiers pour obtenir les investissements nécessaires à la poursuite de l’activité de la Banque de données. Sans succès, malheureusement, malgré l’intérêt et l’utilité de la BDSP.

À ce titre, lire la «prise de position d’un collectif de 130 organisations sur le devenir de la Banque de données en santé publique (BDSP)».

Qu’est-ce que la BDSP ?

La BIU Santé s’est associée à cette mobilisation, la BDSP constituant un outil essentiel pour beaucoup de ses lecteurs étudiants et professionnels de santé.

Depuis 2004, elle contribuait d’ailleurs à l’alimentation de cette base par le signalement des thèses de médecine et de chirurgie dentaire de santé publique (11500 thèses au 30 novembre 2018).

La BDSP est une ressource utile à plusieurs titres :

  • Elle indexe beaucoup de documents en français, pratique pour ceux qui ne sont pas à l’aise avec l’anglais
  • Ses ressources en santé publique présentent de l’intérêt pour les médecins généralistes, les sages-femmes, les soins infirmiers…
  • Les sujets qu’elle recouvre ne sont pas uniquement cliniques (comme PubMed) : relation soignant-soigné, réticence vis-à-vis de la vaccination…

Les contributeurs de la BDSP sont essentiellement des documentalistes dans des organismes qui ne participent pas au réseau Sudoc. Ces organismes publics (ou assimilés)  produisent beaucoup de littérature grise qui est signalée à la BDSP. Demain, ces infos ne seront plus centralisées.

Une fermeture en juillet 2019

Sur son site, la BDSP annonce la fermeture du portail le 1er juillet prochain et indique que «pendant une période de transition de six mois, du 1er janvier au 30 juin 2019, le site et ses services resteront accessibles mais ne seront plus alimentés, ni mis à jour.

Plus précisément, concernant le service ‘Offres d’emploi’, les dernières annonces seront publiées le 20 décembre 2018 (saisie jusqu’au 18 décembre à 18h).

Concernant le service ‘Annonces de colloques’, les dernières annonces ont été publiées le 30 novembre 2018.»

La BDSP s’engage à «[informer] régulièrement [ses utilisateurs] sur le devenir des services (archivage ouvert, reprise, arrêt) et [proposera] des réorientations vers des services similaires »

Si votre organisation souhaite manifester son soutien à la BDSP, elle peut rejoindre la liste des organisations signataires en envoyant un mail à flore.lecomte@sfsp.fr.

En savoir plus

Accéder au texte de soutien

La liste des signataires

Calendrier des formations premier semestre 2019

Pour 2019, prenez de bonnes résolutions et suivez les formations (gratuites !) de la BIU Santé. Le calendrier des séances du premier semestre 2019 est en ligne sur le site la bibliothèque. Il est déjà temps de s’inscrire !

Au programme au pôle Médecine, de janvier à juillet :

  • Des séances PubMed pour maîtriser la recherche sur Medline, la base de données de référence en santé
  • Une formation pour découvrir Embase, une base peu fréquente en bibliothèque mais incontournable, à interroger dans nos salles de lecture (ou à distance si vous avez des codes ENT Paris Descartes)
  • Une séance pour faire le point sur la notion d’Evidence-Based Medicine (EBM) et savoir interroger la Cochrane Library
  • Et bien sûr des formations à Zotero, le logiciel qui gère vos références bibliographiques en quelques clics et facilite la rédaction de vos thèses et mémoires

Au programme au pôle Pharmacie :

  • Des séances compactes mais complètes dédiées à PubMed pour vous aider à trouver les références dont vous avez besoin pour vos travaux universitaires
  • Des formations à Zotero pour gérer efficacement vos références bibliographiques : savoir les collecter à partir de différentes sources d’information, créer votre bibliographie, pour votre thèse, un mémoire, un article…
PubMed ou Zotero en un clin d’œil, c’est possible !

Les formations sont gratuites. Il n’est pas nécessaire d’être inscrit à la bibliothèque pour y participer.

Au pôle Médecine, elles s’adressent à tous les professionnels de santé et étudiants en médecine, odontologie et sciences paramédicales, à partir de la troisième année d’étude.

Au pôle Pharmacie, elles s’adressent aux étudiants et aux enseignants en pharmacie.

L’inscription aux séances se fait directement en ligne pour les lecteurs déjà inscrits à la bibliothèque, et par courriel à l’adresse suivante pour ceux qui ne le sont pas encore.

À bientôt dans nos formations, et joyeuses fêtes à tous !

Le service formation de la BIU Santé

Calendrier des formations second semestre 2018

Il est déjà temps de s’inscrire aux formations de la BIU Santé : le calendrier des séances du second semestre 2018 vient d’être en ligne sur le site la bibliothèque.

Au programme au pôle Médecine :

  • Des séances PubMed pour maîtriser la recherche sur Medline, la base de référence en santé
  • Une formation pour découvrir Embase, une base peu fréquente en bibliothèque mais incontournable, à interroger dans nos salles de lecture
  • Et bien sûr des formations à Zotero, le logiciel qui gère vos références bibliographiques en quelques clics et facilite la rédaction de vos thèses et mémoires

Au programme au pôle Pharmacie :

  • Des séances compactes mais complètes dédiées à PubMed pour vous aider à trouver les références dont vous avez besoin pour vos travaux universitaires

  • Des formations à Zotero pour gérer efficacement vos références bibliographiques : savoir les collecter à partir de différentes sources d’information, créer votre bibliographie, pour votre thèse, un mémoire, un article…

Les formations sont gratuites. Il n’est pas nécessaire d’être inscrit à la bibliothèque pour y participer.

Au pôle Médecine, elles s’adressent à tous les professionnels de santé et étudiants en médecine, odontologie et sciences paramédicales, à partir de la troisième année d’étude. Au pôle Pharmacie, elles s’adressent aux étudiants et aux enseignants en pharmacie.

L’inscription aux séances se fait directement en ligne pour les lecteurs déjà inscrits à la bibliothèque, et par courriel à l’adresse suivante pour ceux qui ne le sont pas encore.

À bientôt dans nos formations et bonnes vacances à tous !

Le service formation de la BIU Santé

Tout ce que vous avez toujours voulu savoir sur la Base biographique de la BIU Santé

Une nouvelle version lancée ce jeudi

La Base biographique de la BIU Santé a été restructurée, et sa nouvelle version vient d’être publiée.

La Base biographique de la BIU Santé, le 24 mai 2018

La Base biographique, c’est aujourd’hui un ensemble de 46231 fiches nominatives, et de 83761 sources distinctes. On peut espérer y trouver des informations et des références bibliographiques sur toute personne ayant contribué à l’histoire de la santé, de tous les lieux, de toutes les époques.

 

Réorganisation des données

Sans doute l’usager occasionnel de la Base biographique ne sera-t-il pas bouleversé lors de son prochain passage par le changement qui s’est opéré.

C’est même notre souhait que ses habitudes de recherche ne soient pas trop perturbées. Un outil de recherche doit être aussi simple que possible, et il n’est pas nécessaire qu’il paraisse perfectionné ou innovant, mais seulement qu’il rende le service qu’il doit rendre, et mieux qu’hier si possible.

Donc, notre chercheur percevra peut-être, cela nous l’espérons, une meilleure organisation des données. Il trouvera peut-être que les informations qui sont données sont plus claires et mieux expliquées.

Enrichissements

Un fait essentiel est toujours difficilement perceptible lorsqu’on consulte une base de données : c’est la dimension de ce réservoir d’informations. Sur ce point, nous avons la satisfaction d’annoncer que la nouvelle version contient nettement plus de données que la précédente.

Notamment, le dépouillement systématique de quelques grosses sources biographiques systématiques (par exemple le Dictionnaire historique de la médecine ancienne et moderne d’Eloy (1778), le Dictionnaire encyclopédique des sciences médicales de Dechambre (1864- 1889), ou le Dictionary of medical biography de W. et H. Bynum (2007) comblent des lacunes qui résultaient du mode de constitution de la version précédente de la base biographique. Le développement de celle-ci était en effet, légitimement d’ailleurs et très utilement, fondé surtout sur le dépouillement au fil de l’eau des entrées de documents dans les fonds de la bibliothèque. On y trouvait ainsi et on y trouve toujours des sources rarement citées ailleurs, mais on pouvait regretter que certains noms importants ne soient pas du tout présents, parce que le hasard des publications et des entrées ne les avaient pas fait rencontrer. Ces lacunes devraient être plus rares.

Prise en charge de données hétérogènes

D’autre part, la nouvelle base biographique est structurée pour pouvoir prendre en charge des données de nature très hétérogène. Essayons de nous expliquer.

Et ceci se passait dans des temps très anciens…

À l’origine, la Base biographique de la BIU Santé était un fichier bio-bibliographique. Les fiches, de très petit format, comportaient un nom, quelques informations de base (dates et lieux, profession, parfois quelques indications sur la carrière), et surtout les références bibliographiques de documents imprimés et d’articles présents dans la collection de la bibliothèque.

Ce fichier a été transformé au début de notre siècle en une base de données informatique, sur le même modèle.

Complexification

Puis, peu à peu, grâce aux possibilités offertes par l’informatique, des données assez diverses se sont agglomérées autour de ce noyau principal de références bibliographiques (qui continuait à se développer).

Aux noms des personnes présentes ont été liés les portraits numérisés dans la Banque d’images et de portraits.

On a signalé également des portraits qui n’ont pas fait l’objet d’une numérisation (souvent pour des raisons de droit de propriété intellectuelle), mais qui existent dans la collection.

On y a adjoint, grâce à la coopération de la bibliothèque de l’Académie de médecine, les appartenances à cette compagnie (“Membre de l’Académie de médecine”), ou la présence d’un “Dossier à l’Académie de médecine”. On a versé l’intégralité du contenu du Fichier Laborde, un important dépouillement d’archives effectué sous la direction de Léon de Laborde, garde général des Archives de l’Empire à partir de 1857, qui permet notamment de repérer tout un monde de médecins et de chirurgiens du XVIe et du XVIIe siècles.

Des chercheurs,  Pierre Moulinier et Jean-Marie Mouthon, nous ont permis de charger des dépouillements d’archives et des notices biographiques rédigés par eux.

À mesure que les années passaient, la base de données devenait ainsi plus riche, mais aussi plus compliquée, et plus difficile à gérer et à documenter.

Une hétérogénéité inévitable

Pourtant, il était évident que cette complexité allait encore croître : en effet, le développement de la numérisation, à la BIU Santé et dans le monde, rendait indispensable de pouvoir ajouter à la base biographique une très grande diversité de données directement accessibles en ligne et de partout, et non seulement les nécessaires références aux collections imprimées consultables sur place à la bibliothèque.

C’est cette diversité de données que nous essayons de mieux gérer dans notre nouvelle base en ligne.

On trouvera déjà de très nombreux liens entre la base biographique et les ressources biographiques que fournit la bibliothèque numérique Medic@. Des milliers de liens ont été créés, principalement vers des dictionnaires pour l’instant, et vers les précieux “Titres et travaux scientifiques”, ces curriculum-vitae dont la bibliothèque conserve une riche collection largement numérisée. Mais nous verserons prochainement d’autres ressources.

Dans les prochains mois, la base biographique permettra ainsi d’exploiter le considérable fichier manuscrit que la famille de Jacques Léonard a donné à la BIUM lors du décès de ce chercheur en 1988, qui est constitué par le dépouillement de milliers de dossiers d’archives sur des médecins de l’ouest de la France au XIXe siècle.

Nous travaillons également à repérer dans les périodiques que nous avons numérisés les nécrologies innombrables qu’ils contiennent. Si nous en avions les moyens, nous pourrions également nous attaquer à des ressources qui se trouvent dans d’autres bibliothèques numériques ou bases de données en ligne.

Nous serions heureux de nouer de nouvelles collaborations avec des chercheurs ou des institutions, que ce soit pour signaler des ressources distantes ou pour inclure directement de nouvelles biographies rédigées. Le champ est immense, plus grand que nos forces. L’intérêt permanent du public pour la biographie nous semble justifier des efforts importants.

Les utilisateurs verront également que nous avons fait notre possible pour documenter les dépouillements que nous avons effectués. Il est indispensable d’accumuler des données : il est utile aussi de dire d’où elles viennent, et quelles sont les sources qui ont été exploitées (et donc quelles sont celles qui ne l’ont pas été). De plus, certaines de ces ressources – le fichier Laborde déjà nommé par exemple – ont absolument besoin d’être expliquées : la documentation des sources est une nécessité qui est liée à l’hétérogénéité du contenu. Cet effort de documentation nous est d’ailleurs indispensable à nous aussi, pour savoir où nous en sommes et mieux organiser nos dépouillements.

Une base techniquement plus ouverte

Enfin, la base nouvelle manière est plus ouverte, et nous nous efforcerons de l’ouvrir encore davantage dans la prochaine étape technique de son développement.

Ouverture aux moteurs de recherche

Jusque là, la base biographique appartenait au «web caché», comme on dit : on n’en trouvait pas tout le contenu par l’intermédiaire des moteur de recherche du web comme Google. La nouvelle architecture devrait permettre que les moteurs de recherche viennent lire le contenu de la base, et le proposent donc à leurs utilisateurs, c’est-à-dire à nous tous.

Les identifiants d’autorité à l’horizon

Notre prochaine étape technique, dans la mesure de nos forces, sera de lier nos données avec d’autres jeux de données disponibles, plus précisément d’abord avec ce que les professionnels de la documentation appellent les «données d’autorité».

Les données d’autorité répondent d’abord à un besoin pratique de gestion des collections, en différenciant les homonymes dans les catalogues, ou en liant entre eux les différents noms d’une même personne ; ainsi on peut indiquer quel est le Jean Durand qui a écrit un certain livre (qui n’est pas le Jean Durand qui a écrit tel autre livre) ; et on peut fournir, à celui qui cherche les ouvrages de Jacobus Sylvius, ceux qui sont notés sous le nom de Jacques Dubois.

Mais l’informatique a donné un rôle accru à ces données d’autorité et aux numéros d’identification qui les accompagnent : si vous savez quel est le numéro qui désigne une personne, vous avez en principe la possibilité de joindre ensemble toutes les informations qui contiennent ce numéro d’identification. Par exemple, si vous savez que Sigismond Jaccoud a un identifiant 64023688  dans la base de données internationale VIAF, vous pouvez récupérer les informations qui s’y trouvent liées parce qu’elles utilisent également cet identifiant, notamment les diverses pages Wikipedia (https://en.wikipedia.org/wiki/Sigismond_Jaccoud, https://fr.wikipedia.org/wiki/Sigismond_Jaccoud, etc.), les données de Worldcat Identities, mais aussi les données bibliographiques qui concernent Jaccoud dans les catalogues de bibliothèques, etc. Ce numéro pourrait permettre aussi, en principe, que d’autres outils informatiques viennent à leur tour puiser dans la Base biographique.

L’usage de ces identifiants devrait se développer dans les temps qui viennent : nous espérons que la base biographique est aujourd’hui mieux préparée à s’intégrer dans le paysage documentaire qui se met en place. Le chemin, il faut le dire, est encore un peu long pour nous, mais l’essentiel est de pouvoir le commencer.

Nous comptons sur les utilisateurs pour nous signaler les défauts qu’ils trouveront, et nous faisons appel à leur indulgence critique.

Jean-François Vincent
24 mai 2018