Calendrier des formations du second semestre 2017

Il est déjà temps de se former à la version 5 de Zotero

Il est déjà temps de préparer la rentrée et de s’inscrire aux formations du second semestre. Le calendrier est d’ailleurs en ligne sur le site de la BIU Santé.

Au programme au pôle Médecine, de septembre à janvier :

  • Des séances PubMed 1, pour tout savoir sur le MeSH, et PubMed 2, pour aller plus loin et maîtriser la recherche en langage libre.
  • Une session consacrée à Embase, une base de données de référence, complémentaire de PubMed, rarement proposée par les bibliothèques, que vous pouvez interroger à la BIU Santé.
  • Une séance pour se familiariser avec le concept d’Evidence-Based Medicine (EBM) et maîtriser la Cochrane Library, la plus populaire des bases EBM.
  • Et toujours des formations à Zotero, le logiciel libre et gratuit qui permet de gérer ses références bibliographiques efficacement et qui deviendra vite indispensable pour la rédaction de vos thèses, mémoires et articles. La version 5 vient de sortir, c’est le moment de le (re)découvrir !

Au programme au pôle Pharmacie :

  • Des séances compactes mais complètes dédiées à PubMed pour vous aider à trouver les références dont vous avez besoin pour vos travaux universitaires.
  • Des formations à Zotero pour gérer efficacement vos références bibliographiques : savoir les collecter à partir de différentes sources d’information, créer votre bibliographie, pour votre thèse, un mémoire, un article…

Les formations sont gratuites. Il n’est pas nécessaire d’être inscrit à la bibliothèque pour y participer.

Au pôle Médecine, elles s’adressent à tous les professionnels de santé et étudiants en médecine, odontologie et sciences paramédicales, à partir de la troisième année d’étude.

Au pôle Pharmacie, elles s’adressent aux étudiants et aux enseignants en pharmacie.

L’inscription aux séances se fait directement en ligne pour les lecteurs déjà inscrits à la bibliothèque, et par courriel à l’adresse suivante pour ceux qui ne le sont pas encore.

À bientôt dans nos formations, et bonnes vacances à tous !

Le service formation de la BIU Santé

Formations 2017-2018 pour les bibliothécaires de santé

La Bibliothèque interuniversitaire de Santé et l’URFIST de Paris proposent des stages en 2017-2018 à destination des collègues en poste en bibliothèque de santé (universitaire, hospitalière et autre établissement de documentation).

« Bibliothèque de santé : environnement et ressources documentaires (initiation) »

21, 22 et 23 novembre 2017

Une nouvelle édition du stage « Bibliothèque de santé : environnement et ressources documentaires (initiation) » se tiendra du 21 au 23 novembre 2017, à l’université Paris Descartes.

Cette formation s’adresse prioritairement aux professionnels de l’information et de la documentation récemment affectés en bibliothèque de santé (universitaire et hospitalière notamment).

Elle a pour objectif de permettre aux nouveaux arrivants en bibliothèque de santé de maîtriser les outils et concepts indispensables pour exercer leurs fonctions : publics et cursus, contexte institutionnel, collections et services.

N’hésitez pas à consulter le programme et à vous inscrire à l’adresse suivante.

Les inscriptions sont ouvertes jusqu’au 29 septembre, mais ne tardez pas à vous manifester.

ATTENTION : Ce stage ne propose pas de formation pratique à l’utilisation de bases de données. Une session sur ce thème sera organisée sur 2 jours en mars 2018 (voir ci-dessous).

« Recherche documentaire en médecine : outils et ressources »

15 et 16 mars 2018

Une nouvelle édition de ce stage de 2 jours dédié spécifiquement à la manipulation des principales bases de données en médecine (PubMed, Cochrane Library, BDSP, LiSSa, EM-Premium…) est d’ores et déjà programmée en mars 2018.

Les modalités d’inscription seront annoncées ultérieurement.

Alexandre Boutet, Benjamin Macé et Catherine Tellaa

12, rue de l'Ecole-de-Médecine
Paris, Île-de-France
75006
FR

MedDRA, nouvelle base de données en pharmacie

Une nouvelle base est désormais accessible au pôle Pharmacie de la BIU Santé, MedDRA, Medical dictionary of regulatory activities, développée par l’International Council for Harmonisation of Technical Requirements for Pharmaceuticals for Human Use (ICH).

meddraCe dictionnaire renferme des termes internationalement reconnus dont l’utilisation facilite la réglementation des produits pharmaceutiques, des produits biologiques, des vaccins et des produits associant un dispositif et un médicament.

«Cette terminologie est employée tout au long du processus de réglementation pour l’entrée, l’extraction, l’analyse ou la présentation de données sur un produit homologué ou faisant l’objet d’une homologation. Elle est aussi utilisée pour la transmission électronique des déclarations d’effets indésirables des médicaments expérimentaux ou commercialisés.»
Le lien vers cette base se trouve dans notre liste de bases de données.

L’identifiant et le mot de passe vous seront communiqués à l’accueil du pôle Pharmacie.

Didier Partouche

Du nouveau dans l’affichage de PubMed

Pour tout utilisateur de la base PubMed – et de surcroît pour tout formateur – la lecture du NLM Technical Bulletin est une source d’information incontournable pour suivre les évolutions de la base. Deux billets récemment publiés annoncent des ajouts et modifications dans l’interface de PubMed. Ce billet fait le point sur les principales nouveautés.

Archives ouvertes

Dans le dernier numéro en date, on apprend que PubMed propose désormais une icône renvoyant vers le texte intégral de l’article lorsque celui-ci est disponible dans une archive ouverte institutionnelle, c’est-à-dire un réservoir d’articles en libre accès mis en place par une université ou un organisme de recherche, pour diffuser et valoriser les travaux de ses chercheurs (notamment).

Cette icône apparaît, lors de l’affichage d’une notice, en haut et à droite (dans l’exemple ci-dessous, Deep Blue, archive de l’université du Michigan), en complément des autres icônes déjà disponibles :

pubmed-oa-700

  • le lien vers le site de l’éditeur (accès payant à moins de passer par une bibliothèque ou une institution ayant souscrit à un abonnement – Elsevier dans l’exemple ci-dessus) ;
  • le résolveur de lien mis en place par une institution (ici l’université Paris Descartes) pour bénéficier des abonnements souscrits par celle-ci ;
  • le lien vers l’article lorsque celui-ci est disponible dans PubMed Central (PMC), une archive ouverte spécialisée en sciences de la vie et génie biomédical, créée par la NLM en complément de PubMed.

L’affichage de l’icône nécessite pour l’institution d’adhérer au service LinkOut du NCBI. Pour l’heure, seules quatre universités proposent un lien vers leur dépôt institutionnel, mais on peut supposer que d’autres institutions, et pourquoi pas françaises, vont prochainement proposer elles aussi cet accès.

Conflit d’intérêts

Dans le pénultième numéro du NLM Technical Bulletin, on apprend que PubMed signalera désormais les conflits d’intérêts des auteurs lorsque ceux-ci sont mentionnés dans les articles référencés. Une évolution compréhensible mais il faut préciser que PubMed ne fera que reprendre l’information indiquée par la revue. Si elle n’y apparaît pas, elle ne figurera pas dans la notice de PubMed.

Affichage des résultats

Affichage du nombre de résultats par page dans PubMed
Affichage du nombre de résultats par page dans PubMed

On apprend aussi que le choix du nombre de résultats affichés par page (20 par défaut), migré il y a quelques mois en bas de l’écran, retrouve sa place tout en haut, aux côtés des menus permettant de modifier le format des références et le mode de tri des résultats.

L’utilisateur régulier de PubMed est coutumier de ces menus changements dans l’interface. Le formateur, lui, s’en agace parce qu’il doit refaire les copies d’écran de son support !

Statut des références

Mais l’information la plus importante de cette avant-dernière livraison du NLM Technical Bulletin se trouve à la fin et concerne la mention du statut des références indexées dans PubMed. Pour comprendre la portée de ce changement, un petit rappel s’impose.

Le site Web PubMed est une interface permettant d’interroger gratuitement Medline, une base de données bibliographiques spécialisée dans le domaine de la santé, produite et alimentée par la NLM (National Library of Medicine des États-Unis). D’ailleurs PubMed est l’abréviation de Public Access to Medline et c’est par abus de langage que le nom PubMed sert à désigner la base elle-même.

En réalité, PubMed ne se limite pas à l’interrogation de Medline et donne aussi accès à d’autres références non incluses dans Medline, et dont les principales sont :

  • des références d’articles issus des 5620 revues indexées dans Medline, venant de paraître et directement versées dans PubMed par les éditeurs, à la suite d’un accord entre ceux-ci et la NLM ;
  • des références en cours d’indexation avec les mots-clés MeSH par les bibliothécaires de la NLM ;
  • des références d’articles inclus dans PubMed Central (PMC) mais qui ne sont pas issus des 5620 revues retenues par la NLM pour figurer dans Medline.

Quelle différence y a-t-il entre les références d’articles de Medline et celles listées ci-dessus ? Elle est de taille puisque les premières sont indexées avec des termes MeSH, c’est-à-dire des mots-clés décrivant le contenu de l’article. Ceux-ci sont fort utiles à l’utilisateur pour cibler précisément sa recherche et ne pas crouler sous un nombre de résultats inexploitable, étant donné le nombre de références accessibles via PubMed : 27 millions !

Les autres références ainsi listées ne sont pas indexées avec des mots-clés MeSH :

  • soit elles ont vocation à l’être : c’est le cas des références versées par l’éditeur et en cours d’indexation, mais il existe un délai non négligeable entre la mise en ligne de la référence et l’indexation en MeSH de l’article ;
  • soit elles ne le seront en aucun cas pour ce qui est des références de PMC issues de revues non indexées dans Medline.

Ceci permet d’expliquer, d’une part, la différence entre PubMed et Medline, que l’on a trop souvent tendance à confondre, et d’autre part, la complexité de la recherche dans PubMed, puisqu’une recherche consciencieusement menée à l’aide du thésaurus MeSH ne suffit pas à récupérer l’ensemble des références pertinentes sur un sujet. Ce mode de recherche écarte en effet systématiquement les références non indexées en MeSH alors qu’il s’agit généralement des plus récentes sur le sujet.

En conséquence, une recherche exhaustive dans PubMed ne peut se contenter d’une recherche menée à partir du MeSH Database, fût-elle préparée avec les termes les plus adéquats. Elle doit nécessairement être complétée par une recherche en langage libreà la Google») pour ne pas écarter des résultats récents et pertinents. L’équipe du CISMeF (du CHU de Rouen) a fait en sorte de corriger cette difficulté puisqu’une recherche lancée depuis l’outil terminologique HeTOP ou à partir du Constructeur de Requêtes Bibliographiques Médicales dans PubMed associera au terme MeSH l’ensemble des synonymes de celui-ci.

Mais revenons à l’information délivrée par le NLM Technical Bulletin :

  • Le statut des références évoqué ci-dessus était jusqu’il y a peu indiqué au-dessous de chaque notice. On retrouvait donc les mentions [PubMed – as supplied by publisher], [PubMed-in process] et [PubMed-indexed for Meline] pour désigner respectivement : les références versées par l’éditeur, celles en cours d’indexation et celles indexées avec des mots-clés MeSH (et faisant donc partie de Medline).

publisher700

  • Désormais, seul le statut [indexed for Medline] est mentionné. Les autres statuts ne sont pas indiqués, à moins d’afficher la notice au format MEDLINE afin de visualiser le champ « STAT ».
Lors de l'affichage d'une notice, utiliser le menu déroulant "Format" pour afficher le format MEDLINE
Lors de l’affichage d’une notice, utiliser le menu déroulant « Format » pour afficher le format MEDLINE
Indication du statut Publisher (affichage MEDLINE)
Indication du statut Publisher (affichage MEDLINE)

On peut comprendre le choix de la NLM qui vise à simplifier l’affichage de PubMed et rendre plus simple son utilisation par une nouvelle génération d’usagers habitués aux interfaces Google like. On peut regretter pour des raisons de clarté – et plus encore de pédagogie – que cette information essentielle ne soit plus accessible dès l’affichage public des références.

Mais qui sait, la NLM reviendra peut-être sur ce choix et nous réserve sans doute encore quelques modifications à venir !

Pour aller plus loin

Pour aller plus loin, vous pouvez :

Benjamin Macé

 

 

 

Sciences infirmières : CINAHL Plus With Full Text

Une nouvelle ressource en sciences infirmières : la base CINAHL Plus With Full Text

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La BIU Santé vient de s’abonner à Cinahl, importante base de données bibliographiques consacrée aux sciences infirmières et aux disciplines paramédicales : 

  • 580 revues en full text depuis 1981
  • 3 100 revues indexées à l’article

Pas besoin de mot de passe, l’accès se fait directement par reconnaissance d’adresses IP : sur place à la BIU Santé (pour tous) ou à distance (pour les membres de la communauté Paris Descartes).

N’hésitez pas à nous contacter pour vous aider dans vos recherches.

Accéder à la base CINAHL Plus With Full Text

Pour éviter les problèmes d’affichage, pensez à désactiver les protections de votre navigateur concernant les scripts à risque (à gauche de la barre d’adresse dans Firefox, à droite dans Chrome).

Thomas Violet

Formez-vous à Embase le 05/12

Vous souhaitez apprendre à chercher des articles de manière efficace dans le cadre de vos travaux ?

Embase

[Rappel] Le lundi 5 décembre de 17h à 19h30 a lieu une formation gratuite à la base de données Embase.

Elle vous permet de chercher des références en médecine, pharmacologie, toxicologie.

Cette base de données inclut la totalité des références présentes dans Medline, tout en indexant 2.500 revues de plus que PubMed. L’université Paris Descartes est l’un des seuls établissements en France à vous proposer l’accès à cet outil (à distance avec vos codes ENT pour les affiliés Paris Descartes / sur place pour les inscrits à la bibliothèque).

Vous pouvez vous inscrire dès maintenant sur cette page.

 

Nouvelle version de Reaxys

Une nouvelle version de la base Reaxys est disponible depuis le 19 octobre 2016.

indexL’ancienne et la nouvelle version seront consultables en parallèle pendant 6 mois, ce qui vous laissera le temps de prendre en main la nouvelle interface.

Le contenu est accru de 12000 journaux en full text automatiquement indexés, ainsi que les brevets asiatiques (Chine, Corée du Sud, Japon et Taïwan).

Le lien vers la nouvelle version est disponible à l’adresse : https://new.reaxys.com

reaxysPour tester la nouvelle version, vous devrez vous identifier  avec vos noms d’utilisateur et mot de passe habituels, n’hésitez pas à utiliser le bouton «feedback» en bas de page pour toutes les suggestions, remarques ou commentaires positifs ou négatifs que vous pourriez avoir sur la nouvelle interface, ils sont tous pris en compte par les développeurs.

Étant sur un serveur différent, certaines fonctionnalités de la version beta peuvent être lentes à répondre, ou renvoyer un message d’erreur, renouvelez simplement votre requête.

N’hésitez pas à nous contacter en cas de besoin.

Didier Partouche

Édition 2017 de la Pharmacopée européenne

La Pharmacopée européenne 2017 est en ligne !

pharmacopee9La version 9 (valable à partir du 1er janvier 2017) est désormais accessible en version bilingue français/anglais depuis la faculté de pharmacie de Paris (pas d’accès distant).

Rendez-vous sur le site Internet de la BIU Santé, dans la rubrique Bases de données.

Nous remercions ici l’éditeur, EDQM (European Directorate for the Quality of Medicines & Healthcare) qui nous a accordé gracieusement cet accès pour l’année 2017, comme il le fait depuis 2014.

La version papier est consultable à l’accueil de la BIU Santé pôle Pharmacie, la version papier de la version 9 est en commande (cote P 50138).

Didier Partouche

Outils de communication scientifique : les résultats pour la France

InnoScholComm logo 550x550En 2015, nous avions relayé l’enquête menée par l’université d’Utrecht concernant les outils pour la communication scientifique utilisés par les chercheurs.

Tous les résultats (anonymisés) sont librement consultables et téléchargeables sur le site de l’étude (vive l’Open Data!). Une interface intuitive permet de manipuler aisément ces données pour des comparaisons immédiates.

Au niveau mondial, cette enquête a rencontré un vif engouement, avec plus de 20.000 participants.

La France est le 5e pays en nombre de réponses (1150 chercheurs).

survey_questions

Une exploitation intéressante de ces chiffres a été mise en avant par l’European Association for Health Information and Libraries : il s’agit d’une extraction des 2.200 réponses émanant de l’Europe pour la discipline Médecine. Les résultats de cette vue particulière sont consultables via cette interface.

Malheureusement, dans cette discipline, la France n’est représentée que par 139 chercheurs (si l’on exclut les bibliothécaires et documentalistes qui pouvaient également répondre à l’enquête).

Ce faible nombre ne permet pas d’extrapoler des statistiques, d’autant que l’échantillon n’est en rien représentatif. Quelques chiffres notables néanmoins, sur ce panel restreint de 139 chercheurs français du secteur médical :

pubmed-4-300Sans surprise PubMed est plébiscité pour la recherche de littérature : 126 personnes déclarent l’utiliser. Viennent ensuite Google Scholar (104), Web of Science (36), Scopus (17), Mendeley (9) et Paperity (8), entre autres. Le même classement se retrouve à peu près au niveau européen.

Une fois les références trouvées, les chercheurs y accèdent majoritairement par leur institution / leur bibliothèque (118), mais aussi via ResearchGate (45), des courriels envoyés aux auteurs (35), la consultation d’articles en Open Access (33), et l’achat direct sur les sites des éditeurs (13). L’Open Access Button, dont nous avons déjà parlé ici, est beaucoup plus utilisé dans les autres pays (3e position).

Les systèmes d’alerte et de recommandations sont relativement peu utilisés : Google Scholar (39), ResearchGate (28), PubMed (21), JournalTOCs (22), Mendeley (6), et les sites des revues elles-mêmes (4).

Pour analyser des données, le bon vieil Excel prévaut (97 répondants), suivi par R (33), SPSS (16), GraphPad ou StatView (14), MATLAB (9). Pas de surprise non plus pour l’écriture, avec Microsoft Word (132) puis notamment Google Drive (39) et LateX (14).

zoteroDu côté des logiciels de bibliographie, Zotero est en tête (63 utilisateurs), talonné par EndNote (53), puis Mendeley (10), Papers (6), ReadCube (3), JabRef (3). La situation est bien différente au niveau européen pour les chercheurs en médecine : Zotero est au 4e rang, derrière EndNote (largement en tête), Mendeley puis RefWorks.

Plusieurs outils sont cités pour l’archivage et le partage de publications : ReserchGate (39), PubMed Central (36), les répertoires institutionnels (25), le partage des notes de travail (22), arXiv (4). Le partage de données est encore balbutiant (8 répondants citent GitHub), idem pour les posters et les présentations (7 utilisateurs de Slideshare).

Le choix de la revue où publier repose encore grandement sur le facteur d’impact du JCR (en tête avec 39 répondants). Idem pour mesurer l’impact après publication : JCR/Facteur d’impact (43), Web of Science (30), Scopus (18), Altmetric (14), PLoS (10).

Pour communiquer en dehors du milieu académique, 25 répondants utilisent Twitter, 23 Wikipédia, 11 WordPress, 8 Facebook, LinkedIn ou bien Google+. Pour les profils de chercheurs, on retrouve la prépondérance de ResearchGate (55), Google Scholar (40), Orcid (23), les pages institutionnelles (20), et Academia (10). Même classement au niveau européen.

BAQuant au développement le plus important dans la communication scientifique au cours des années à venir, de nombreux répondants citent l’Open Access – soutenu par 110 d’entre eux (16 ne savent pas, 5 sont contre).

Tous ces chiffres, à manipuler avec précaution, donnent quand même des pistes sur les outils connus et utilisés, à défaut de pouvoir en tirer des généralités.

Une enquête nationale ciblant ces publics serait sans doute utile, pour mieux cerner les pratiques et les besoins, et y répondre au mieux en bibliothèque.

David Benoist

Formations 2016-2017 pour les bibliothécaires de santé

La Bibliothèque interuniversitaire de Santé et l’Urfist de Paris proposent des stages en 2016-2017 à destination des collègues en poste en bibliothèque de santé (universitaire, hospitalière et autre établissement de documentation).

« Bibliothèque de santé : environnement et ressources documentaires (initiation) »

22-24 novembre 2016

Une nouvelle édition du stage « Bibliothèque de santé : environnement et ressources documentaires (initiation) » se tiendra du 22 au 24 novembre 2016, à l’université Paris Descartes.

urfistCette formation s’adresse prioritairement aux professionnels de l’information et de la documentation récemment affectés en bibliothèque de santé (universitaire et hospitalière notamment).

Elle a pour objectif de permettre aux nouveaux arrivants en bibliothèque de santé de maîtriser les outils et concepts indispensables pour exercer leurs fonctions : publics et cursus, contexte institutionnel, collections et services.

N’hésitez pas à consulter le programme et à vous inscrire à l’adresse suivante.

Les inscriptions sont ouvertes jusqu’au 30 septembre, mais ne tardez pas à vous manifester.

ATTENTION : Ce stage ne propose pas de formation pratique à l’utilisation de bases de données. Une session sur ce thème sera organisée sur 2 jours en mars 2017 (voir ci-dessous).

« Acquérir en santé »

13 janvier 2017

NOUVEAU Une session dédiée à la question spécifique des acquisitions en santé, « Acquérir en santé », est organisée le vendredi 13 janvier 2017, à l’université Paris Descartes.

Elle a pour objectifs de faire connaître les outils pour savoir acquérir, sélectionner et développer une collection sur tous supports en santé.

Elle s’adresse aux acquéreurs dans le domaine de la santé en poste en bibliothèque de santé (universitaire, hospitalière et autre établissement de documentation).

Vous pouvez d’ores et déjà consulter le programme et vous inscrire à l’adresse suivante.

« Recherche documentaire en médecine : outils et ressources »

Mars 2017

Une nouvelle édition de ce stage de 2 jours dédié spécifiquement à la manipulation des bases de données en médecine (PubMed, Cochrane Library, BDSP, LiSSa, EM-Premium…) est d’ores et déjà programmée en mars 2017.

Les dates exactes et les modalités d’inscription seront annoncées ultérieurement.

Alexandre Boutet, Benjamin Macé et Catherine Tellaa

Bibliothèque de santé : environnement et ressources documentaires (initiation)
Debut: 11/22/2016
Fin: 11/24/2016
12, rue de l'Ecole-de-Médecine
Paris, Île-de-France
75006
FR