Calendrier des formations second semestre 2018

Il est déjà temps de s’inscrire aux formations de la BIU Santé : le calendrier des séances du second semestre 2018 vient d’être en ligne sur le site la bibliothèque.

Au programme au pôle Médecine :

  • Des séances PubMed pour maîtriser la recherche sur Medline, la base de référence en santé
  • Une formation pour découvrir Embase, une base peu fréquente en bibliothèque mais incontournable, à interroger dans nos salles de lecture
  • Et bien sûr des formations à Zotero, le logiciel qui gère vos références bibliographiques en quelques clics et facilite la rédaction de vos thèses et mémoires

Au programme au pôle Pharmacie :

  • Des séances compactes mais complètes dédiées à PubMed pour vous aider à trouver les références dont vous avez besoin pour vos travaux universitaires

  • Des formations à Zotero pour gérer efficacement vos références bibliographiques : savoir les collecter à partir de différentes sources d’information, créer votre bibliographie, pour votre thèse, un mémoire, un article…

Les formations sont gratuites. Il n’est pas nécessaire d’être inscrit à la bibliothèque pour y participer.

Au pôle Médecine, elles s’adressent à tous les professionnels de santé et étudiants en médecine, odontologie et sciences paramédicales, à partir de la troisième année d’étude. Au pôle Pharmacie, elles s’adressent aux étudiants et aux enseignants en pharmacie.

L’inscription aux séances se fait directement en ligne pour les lecteurs déjà inscrits à la bibliothèque, et par courriel à l’adresse suivante pour ceux qui ne le sont pas encore.

À bientôt dans nos formations et bonnes vacances à tous !

Le service formation de la BIU Santé

Tout ce que vous avez toujours voulu savoir sur la Base biographique de la BIU Santé

Une nouvelle version lancée ce jeudi

La Base biographique de la BIU Santé a été restructurée, et sa nouvelle version vient d’être publiée.

La Base biographique de la BIU Santé, le 24 mai 2018

La Base biographique, c’est aujourd’hui un ensemble de 46231 fiches nominatives, et de 83761 sources distinctes. On peut espérer y trouver des informations et des références bibliographiques sur toute personne ayant contribué à l’histoire de la santé, de tous les lieux, de toutes les époques.

 

Réorganisation des données

Sans doute l’usager occasionnel de la Base biographique ne sera-t-il pas bouleversé lors de son prochain passage par le changement qui s’est opéré.

C’est même notre souhait que ses habitudes de recherche ne soient pas trop perturbées. Un outil de recherche doit être aussi simple que possible, et il n’est pas nécessaire qu’il paraisse perfectionné ou innovant, mais seulement qu’il rende le service qu’il doit rendre, et mieux qu’hier si possible.

Donc, notre chercheur percevra peut-être, cela nous l’espérons, une meilleure organisation des données. Il trouvera peut-être que les informations qui sont données sont plus claires et mieux expliquées.

Enrichissements

Un fait essentiel est toujours difficilement perceptible lorsqu’on consulte une base de données : c’est la dimension de ce réservoir d’informations. Sur ce point, nous avons la satisfaction d’annoncer que la nouvelle version contient nettement plus de données que la précédente.

Notamment, le dépouillement systématique de quelques grosses sources biographiques systématiques (par exemple le Dictionnaire historique de la médecine ancienne et moderne d’Eloy (1778), le Dictionnaire encyclopédique des sciences médicales de Dechambre (1864- 1889), ou le Dictionary of medical biography de W. et H. Bynum (2007) comblent des lacunes qui résultaient du mode de constitution de la version précédente de la base biographique. Le développement de celle-ci était en effet, légitimement d’ailleurs et très utilement, fondé surtout sur le dépouillement au fil de l’eau des entrées de documents dans les fonds de la bibliothèque. On y trouvait ainsi et on y trouve toujours des sources rarement citées ailleurs, mais on pouvait regretter que certains noms importants ne soient pas du tout présents, parce que le hasard des publications et des entrées ne les avaient pas fait rencontrer. Ces lacunes devraient être plus rares.

Prise en charge de données hétérogènes

D’autre part, la nouvelle base biographique est structurée pour pouvoir prendre en charge des données de nature très hétérogène. Essayons de nous expliquer.

Et ceci se passait dans des temps très anciens…

À l’origine, la Base biographique de la BIU Santé était un fichier bio-bibliographique. Les fiches, de très petit format, comportaient un nom, quelques informations de base (dates et lieux, profession, parfois quelques indications sur la carrière), et surtout les références bibliographiques de documents imprimés et d’articles présents dans la collection de la bibliothèque.

Ce fichier a été transformé au début de notre siècle en une base de données informatique, sur le même modèle.

Complexification

Puis, peu à peu, grâce aux possibilités offertes par l’informatique, des données assez diverses se sont agglomérées autour de ce noyau principal de références bibliographiques (qui continuait à se développer).

Aux noms des personnes présentes ont été liés les portraits numérisés dans la Banque d’images et de portraits.

On a signalé également des portraits qui n’ont pas fait l’objet d’une numérisation (souvent pour des raisons de droit de propriété intellectuelle), mais qui existent dans la collection.

On y a adjoint, grâce à la coopération de la bibliothèque de l’Académie de médecine, les appartenances à cette compagnie (“Membre de l’Académie de médecine”), ou la présence d’un “Dossier à l’Académie de médecine”. On a versé l’intégralité du contenu du Fichier Laborde, un important dépouillement d’archives effectué sous la direction de Léon de Laborde, garde général des Archives de l’Empire à partir de 1857, qui permet notamment de repérer tout un monde de médecins et de chirurgiens du XVIe et du XVIIe siècles.

Des chercheurs,  Pierre Moulinier et Jean-Marie Mouthon, nous ont permis de charger des dépouillements d’archives et des notices biographiques rédigés par eux.

À mesure que les années passaient, la base de données devenait ainsi plus riche, mais aussi plus compliquée, et plus difficile à gérer et à documenter.

Une hétérogénéité inévitable

Pourtant, il était évident que cette complexité allait encore croître : en effet, le développement de la numérisation, à la BIU Santé et dans le monde, rendait indispensable de pouvoir ajouter à la base biographique une très grande diversité de données directement accessibles en ligne et de partout, et non seulement les nécessaires références aux collections imprimées consultables sur place à la bibliothèque.

C’est cette diversité de données que nous essayons de mieux gérer dans notre nouvelle base en ligne.

On trouvera déjà de très nombreux liens entre la base biographique et les ressources biographiques que fournit la bibliothèque numérique Medic@. Des milliers de liens ont été créés, principalement vers des dictionnaires pour l’instant, et vers les précieux “Titres et travaux scientifiques”, ces curriculum-vitae dont la bibliothèque conserve une riche collection largement numérisée. Mais nous verserons prochainement d’autres ressources.

Dans les prochains mois, la base biographique permettra ainsi d’exploiter le considérable fichier manuscrit que la famille de Jacques Léonard a donné à la BIUM lors du décès de ce chercheur en 1988, qui est constitué par le dépouillement de milliers de dossiers d’archives sur des médecins de l’ouest de la France au XIXe siècle.

Nous travaillons également à repérer dans les périodiques que nous avons numérisés les nécrologies innombrables qu’ils contiennent. Si nous en avions les moyens, nous pourrions également nous attaquer à des ressources qui se trouvent dans d’autres bibliothèques numériques ou bases de données en ligne.

Nous serions heureux de nouer de nouvelles collaborations avec des chercheurs ou des institutions, que ce soit pour signaler des ressources distantes ou pour inclure directement de nouvelles biographies rédigées. Le champ est immense, plus grand que nos forces. L’intérêt permanent du public pour la biographie nous semble justifier des efforts importants.

Les utilisateurs verront également que nous avons fait notre possible pour documenter les dépouillements que nous avons effectués. Il est indispensable d’accumuler des données : il est utile aussi de dire d’où elles viennent, et quelles sont les sources qui ont été exploitées (et donc quelles sont celles qui ne l’ont pas été). De plus, certaines de ces ressources – le fichier Laborde déjà nommé par exemple – ont absolument besoin d’être expliquées : la documentation des sources est une nécessité qui est liée à l’hétérogénéité du contenu. Cet effort de documentation nous est d’ailleurs indispensable à nous aussi, pour savoir où nous en sommes et mieux organiser nos dépouillements.

Une base techniquement plus ouverte

Enfin, la base nouvelle manière est plus ouverte, et nous nous efforcerons de l’ouvrir encore davantage dans la prochaine étape technique de son développement.

Ouverture aux moteurs de recherche

Jusque là, la base biographique appartenait au «web caché», comme on dit : on n’en trouvait pas tout le contenu par l’intermédiaire des moteur de recherche du web comme Google. La nouvelle architecture devrait permettre que les moteurs de recherche viennent lire le contenu de la base, et le proposent donc à leurs utilisateurs, c’est-à-dire à nous tous.

Les identifiants d’autorité à l’horizon

Notre prochaine étape technique, dans la mesure de nos forces, sera de lier nos données avec d’autres jeux de données disponibles, plus précisément d’abord avec ce que les professionnels de la documentation appellent les «données d’autorité».

Les données d’autorité répondent d’abord à un besoin pratique de gestion des collections, en différenciant les homonymes dans les catalogues, ou en liant entre eux les différents noms d’une même personne ; ainsi on peut indiquer quel est le Jean Durand qui a écrit un certain livre (qui n’est pas le Jean Durand qui a écrit tel autre livre) ; et on peut fournir, à celui qui cherche les ouvrages de Jacobus Sylvius, ceux qui sont notés sous le nom de Jacques Dubois.

Mais l’informatique a donné un rôle accru à ces données d’autorité et aux numéros d’identification qui les accompagnent : si vous savez quel est le numéro qui désigne une personne, vous avez en principe la possibilité de joindre ensemble toutes les informations qui contiennent ce numéro d’identification. Par exemple, si vous savez que Sigismond Jaccoud a un identifiant 64023688  dans la base de données internationale VIAF, vous pouvez récupérer les informations qui s’y trouvent liées parce qu’elles utilisent également cet identifiant, notamment les diverses pages Wikipedia (https://en.wikipedia.org/wiki/Sigismond_Jaccoud, https://fr.wikipedia.org/wiki/Sigismond_Jaccoud, etc.), les données de Worldcat Identities, mais aussi les données bibliographiques qui concernent Jaccoud dans les catalogues de bibliothèques, etc. Ce numéro pourrait permettre aussi, en principe, que d’autres outils informatiques viennent à leur tour puiser dans la Base biographique.

L’usage de ces identifiants devrait se développer dans les temps qui viennent : nous espérons que la base biographique est aujourd’hui mieux préparée à s’intégrer dans le paysage documentaire qui se met en place. Le chemin, il faut le dire, est encore un peu long pour nous, mais l’essentiel est de pouvoir le commencer.

Nous comptons sur les utilisateurs pour nous signaler les défauts qu’ils trouveront, et nous faisons appel à leur indulgence critique.

Jean-François Vincent
24 mai 2018

Pharmacopée européenne 2018

La Pharmacopée européenne 2018 est en ligne !

Les versions 9.3 à 9.5 de la Pharmacopée européenne (valables à partir du 1er janvier 2018) sont maintenant accessibles, toujours en version bilingue français et anglais, et toujours uniquement sur le site de la Faculté de pharmacie de Paris (pas d’accès distant).

Rendez-vous sur le site Internet de la BIU Santé, dans la rubrique Articles et Bases de données.

Nous remercions ici l’éditeur, EDQM (European Directorate for the Quality of Medicines & Healthcare) qui nous a accordé gracieusement cet accès pour l’année 2018, comme il le fait depuis 2014. La version papier est consultable à l’accueil de la BIU Santé pôle Pharmacie, jusqu’à la version 9.4 cote (P 50138).

Didier Partouche

Calendrier des formations premier semestre 2018

Pour 2018, prenez de bonnes résolutions et suivez les formations (gratuites !) de la BIU Santé. Le calendrier des séances  du premier semestre 2018 est en ligne sur le site la bibliothèque. Il est déjà temps de s’inscrire !

Au programme au pôle Médecine, de janvier à juillet :

  • Des séances PubMed 1 pour bien débuter ses recherches sur Medline, et des séances PubMed 2 pour approfondir et tout savoir (ou presque) sur la base de référence en santé
  • Une formation pour découvrir Embase, une base peu fréquente en bibliothèque mais incontournable, à interroger dans nos salles de lecture
  • Une séance pour faire le point sur la notion d’Evidence-Based Medicine (EBM) et savoir interroger la Cochrane Library
  • Et bien sûr des formations à Zotero, le logiciel qui gère vos références bibliographiques en quelques clics, et facilite la rédaction de vos thèses et mémoires

Au programme au pôle pharmacie :

  • Des séances compactes mais complètes dédiées à PubMed pour vous aider à trouver les références dont vous avez besoin pour vos travaux universitaires
  • Des formations à Zotero pour gérer efficacement vos références bibliographiques : savoir les collecter à partir de différentes sources d’information, créer votre bibliographie, pour votre thèse, un mémoire, un article…

Les formations sont gratuites. Il n’est pas nécessaire d’être inscrit à la bibliothèque pour y participer.

Au pôle Médecine, elles s’adressent à tous les professionnels de santé et étudiants en médecine, odontologie et sciences paramédicales, à partir de la troisième année d’étude.

Au pôle Pharmacie, elles s’adressent aux étudiants et aux enseignants en pharmacie.

L’inscription aux séances se fait directement en ligne pour les lecteurs déjà inscrits à la bibliothèque, et par courriel à l’adresse suivante pour ceux qui ne le sont pas encore.

À bientôt dans nos formations, et joyeuses fêtes à tous !

Le service formation de la BIU Santé

Nouvelles ressources au pôle Pharmacie

Le pôle Pharmacie de la BIU Santé (4, avenue de l’Observatoire) vous propose de nouveaux abonnements à des bases et des revues en cette fin d’année :

Science of synthesis 4.8, version en ligne de la série imprimée publiée en 48 volumes de 2000 à 2010  (5e édition de la célèbre Methoden der organischen Chemie de Houben-Weyl) qui  fournit un examen critique de la méthodologie synthétique développée à partir du début 19e siècle jusqu’à aujourd’hui dans le
domaine de la chimie organique et organométallique. Rédigé et mis à jour régulièrement par 1750 auteurs, il comporte un éditeur de structures et de réactions. Incluses, les archives des 4 éditions précédentes.

International pharmaceutical abstracts (IPA) couvre l’éventail complet de la thérapie médicamenteuse et l’information pharmacologique pour les chercheurs, toxicologues, médecins, fabricants de produits cosmétiques, bibliothécaires médicaux. Domaines couverts : bio pharmacie, pharmacocinétique, aspects éthiques, juridiques et politiques.

Dictionary of Natural Products. Contient plus de 290 000 produits. Mis à jour régulièrement. Recherche par nom, formule moléculaire, numéro CAS, point de fusion, point d’ébullition, structure.

 

Une dernière nouveauté, accessible seulement sur place en format papier :

Revue des microbiotes. Revue de langue française, rédigée par un groupe d’experts multidisciplinaire (recherche, gastro-entérologie, neurologie, endocrinologie, gynécologie, pédiatrie, allergologie, cardiologie), destinée aux médecins généralistes et spécialistes, qui prend en compte l’actualité des microbiotes. Depuis le n. 1 (mars 2015). Cote BIU Santé pharmacie :  P13544.

Didier Partouche

CINAHL Complete à la BIU Santé

Infirmières, infirmiers, nutritionnistes, orthophonistes, professionnels paramédicaux, la base de données CINAHL (Cumulative Index to Nursing and Allied Health Literature), vous attend à la Bibliothèque interuniversitaire de Santé.

CINAHL, c’est quoi ?

C’est l’outil de recherche documentaire indispensable pour les infirmières et les professionnels paramédicaux, mais il s’adresse aussi particulièrement aux sages-femmes et aux médecins généralistes. Vous y trouverez toute la documentation que vous cherchez en soins infirmiers,  sciences biomédicales, sciences de la santé, médecine alternative et en santé publique.

Bon à savoir : les recherches s’y effectuent en anglais.

Collection BIU Santé Médecine. Adresse permanente de cette image : http://www.biusante.parisdescartes.fr/histmed/image?07932

Quelle version proposons-nous ?

La base de données CINAHL propose plusieurs formules d’abonnement. La BIU Santé met à la disposition de ses lecteurs la version CINAHL Complete qui permet l’accès à 5400 revues dont 1450 avec texte intégral. Vous y trouverez aussi des livres, des mémoires, des normes et pratiques cliniques sans oublier les fiches de soins fondées sur des données probantes (EBN), les leçons rapides et plus encore.

Comment y accéder ?

Rendez-vous sur la page «Articles et bases de données» de la BIU Santé, puis sélectionner CINAHL Complete. Étudiants et professionnels de santé, vous êtes tous les bienvenus sur place pour consulter cette ressource, horaires d’ouverture et autres informations pratiques disponibles ici. En revanche, l’accès distant aux bases de données est réservé aux seuls membres de l’université Paris Descartes (étudiants et personnels), il s’agit de clauses contractuelles négociées avec les éditeurs de ces outils, auxquelles nous ne pouvons déroger.

Comment interroger efficacement cette base de données ?

La recherche avancée est recommandée, elle permet de combiner des mots sujets ou des descripteurs du thésaurus CINAHL.

Le thésaurus CINAHL utilise beaucoup de descripteurs  MeSH (Medical Subject Headings), qui est le  thésaurus utilisé pour interroger Medline via PubMed,  mais il comprend aussi certains mots-clés plus spécifiques, adaptés aux soins infirmiers et aux sciences paramédicales.

Vous ne savez pas comment faire ? On vous explique tout dans le tutoriel rédigé par les bibliothécaires de la BIU Santé. Rien ne vous échappera ainsi pour utiliser au mieux cette ressource faite pour vous !

Pourquoi interroger CINAHL et ne pas se contenter de PubMed ?

CINAHL est spécialisée dans le domaine des soins infirmiers et donne accès à 1300 titres de périodiques en texte intégral alors que PubMed ne propose que 766 titres dans le sous-ensemble des sciences infirmières. De nombreuses revues disponibles dans CINAHL ne sont donc pas dépouillées dans Medline et introuvables ailleurs.

Un exemple : lançons une recherche sur les relations infirmier-patient dans le cadre de la maladie d’Alzheimer : on obtient 121 articles dans PubMed et 42 dans CINAHL avec seulement 6 références communes ! Les deux bases de données sont donc bien complémentaires.

Les bibliothèques du Centre universitaire de santé McGill (CUSM) ont réalisé un comparatif de contenu visible ici.

Les bibliothécaires de la BIU Santé (pôle Médecine) sont à votre disposition pour vous aider dans vos recherches documentaires, sur place ou à distance, n’hésitez-pas ! D’autant que de nombreux autres ressources vous sont destinées, comme l’«univers infirmier» de l’encyclopédie médico-chirurgicale en ligne, EM premium, etc.

Catherine Tellaa

Calendrier des formations du second semestre 2017

Il est déjà temps de se former à la version 5 de Zotero

Il est déjà temps de préparer la rentrée et de s’inscrire aux formations du second semestre. Le calendrier est d’ailleurs en ligne sur le site de la BIU Santé.

Au programme au pôle Médecine, de septembre à janvier :

  • Des séances PubMed 1, pour tout savoir sur le MeSH, et PubMed 2, pour aller plus loin et maîtriser la recherche en langage libre.
  • Une session consacrée à Embase, une base de données de référence, complémentaire de PubMed, rarement proposée par les bibliothèques, que vous pouvez interroger à la BIU Santé.
  • Une séance pour se familiariser avec le concept d’Evidence-Based Medicine (EBM) et maîtriser la Cochrane Library, la plus populaire des bases EBM.
  • Et toujours des formations à Zotero, le logiciel libre et gratuit qui permet de gérer ses références bibliographiques efficacement et qui deviendra vite indispensable pour la rédaction de vos thèses, mémoires et articles. La version 5 vient de sortir, c’est le moment de le (re)découvrir !

Au programme au pôle Pharmacie :

  • Des séances compactes mais complètes dédiées à PubMed pour vous aider à trouver les références dont vous avez besoin pour vos travaux universitaires.
  • Des formations à Zotero pour gérer efficacement vos références bibliographiques : savoir les collecter à partir de différentes sources d’information, créer votre bibliographie, pour votre thèse, un mémoire, un article…

Les formations sont gratuites. Il n’est pas nécessaire d’être inscrit à la bibliothèque pour y participer.

Au pôle Médecine, elles s’adressent à tous les professionnels de santé et étudiants en médecine, odontologie et sciences paramédicales, à partir de la troisième année d’étude.

Au pôle Pharmacie, elles s’adressent aux étudiants et aux enseignants en pharmacie.

L’inscription aux séances se fait directement en ligne pour les lecteurs déjà inscrits à la bibliothèque, et par courriel à l’adresse suivante pour ceux qui ne le sont pas encore.

À bientôt dans nos formations, et bonnes vacances à tous !

Le service formation de la BIU Santé

Formations 2017-2018 pour les bibliothécaires de santé

La Bibliothèque interuniversitaire de Santé et l’URFIST de Paris proposent des stages en 2017-2018 à destination des collègues en poste en bibliothèque de santé (universitaire, hospitalière et autre établissement de documentation).

« Bibliothèque de santé : environnement et ressources documentaires (initiation) »

21, 22 et 23 novembre 2017

Une nouvelle édition du stage « Bibliothèque de santé : environnement et ressources documentaires (initiation) » se tiendra du 21 au 23 novembre 2017, à l’université Paris Descartes.

Cette formation s’adresse prioritairement aux professionnels de l’information et de la documentation récemment affectés en bibliothèque de santé (universitaire et hospitalière notamment).

Elle a pour objectif de permettre aux nouveaux arrivants en bibliothèque de santé de maîtriser les outils et concepts indispensables pour exercer leurs fonctions : publics et cursus, contexte institutionnel, collections et services.

N’hésitez pas à consulter le programme et à vous inscrire à l’adresse suivante.

Les inscriptions sont ouvertes jusqu’au 29 septembre, mais ne tardez pas à vous manifester.

ATTENTION : Ce stage ne propose pas de formation pratique à l’utilisation de bases de données. Une session sur ce thème sera organisée sur 2 jours en mars 2018 (voir ci-dessous).

« Recherche documentaire en médecine : outils et ressources »

15 et 16 mars 2018

Une nouvelle édition de ce stage de 2 jours dédié spécifiquement à la manipulation des principales bases de données en médecine (PubMed, Cochrane Library, BDSP, LiSSa, EM-Premium…) est d’ores et déjà programmée en mars 2018.

Les modalités d’inscription seront annoncées ultérieurement.

Alexandre Boutet, Benjamin Macé et Catherine Tellaa

12, rue de l'Ecole-de-Médecine
Paris, Île-de-France
75006
FR

MedDRA, nouvelle base de données en pharmacie

Une nouvelle base est désormais accessible au pôle Pharmacie de la BIU Santé, MedDRA, Medical dictionary of regulatory activities, développée par l’International Council for Harmonisation of Technical Requirements for Pharmaceuticals for Human Use (ICH).

meddraCe dictionnaire renferme des termes internationalement reconnus dont l’utilisation facilite la réglementation des produits pharmaceutiques, des produits biologiques, des vaccins et des produits associant un dispositif et un médicament.

«Cette terminologie est employée tout au long du processus de réglementation pour l’entrée, l’extraction, l’analyse ou la présentation de données sur un produit homologué ou faisant l’objet d’une homologation. Elle est aussi utilisée pour la transmission électronique des déclarations d’effets indésirables des médicaments expérimentaux ou commercialisés.»
Le lien vers cette base se trouve dans notre liste de bases de données.

L’identifiant et le mot de passe vous seront communiqués à l’accueil du pôle Pharmacie.

Didier Partouche

Du nouveau dans l’affichage de PubMed

Pour tout utilisateur de la base PubMed – et de surcroît pour tout formateur – la lecture du NLM Technical Bulletin est une source d’information incontournable pour suivre les évolutions de la base. Deux billets récemment publiés annoncent des ajouts et modifications dans l’interface de PubMed. Ce billet fait le point sur les principales nouveautés.

Archives ouvertes

Dans le dernier numéro en date, on apprend que PubMed propose désormais une icône renvoyant vers le texte intégral de l’article lorsque celui-ci est disponible dans une archive ouverte institutionnelle, c’est-à-dire un réservoir d’articles en libre accès mis en place par une université ou un organisme de recherche, pour diffuser et valoriser les travaux de ses chercheurs (notamment).

Cette icône apparaît, lors de l’affichage d’une notice, en haut et à droite (dans l’exemple ci-dessous, Deep Blue, archive de l’université du Michigan), en complément des autres icônes déjà disponibles :

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  • le lien vers le site de l’éditeur (accès payant à moins de passer par une bibliothèque ou une institution ayant souscrit à un abonnement – Elsevier dans l’exemple ci-dessus) ;
  • le résolveur de lien mis en place par une institution (ici l’université Paris Descartes) pour bénéficier des abonnements souscrits par celle-ci ;
  • le lien vers l’article lorsque celui-ci est disponible dans PubMed Central (PMC), une archive ouverte spécialisée en sciences de la vie et génie biomédical, créée par la NLM en complément de PubMed.

L’affichage de l’icône nécessite pour l’institution d’adhérer au service LinkOut du NCBI. Pour l’heure, seules quatre universités proposent un lien vers leur dépôt institutionnel, mais on peut supposer que d’autres institutions, et pourquoi pas françaises, vont prochainement proposer elles aussi cet accès.

Conflit d’intérêts

Dans le pénultième numéro du NLM Technical Bulletin, on apprend que PubMed signalera désormais les conflits d’intérêts des auteurs lorsque ceux-ci sont mentionnés dans les articles référencés. Une évolution compréhensible mais il faut préciser que PubMed ne fera que reprendre l’information indiquée par la revue. Si elle n’y apparaît pas, elle ne figurera pas dans la notice de PubMed.

Affichage des résultats

Affichage du nombre de résultats par page dans PubMed
Affichage du nombre de résultats par page dans PubMed

On apprend aussi que le choix du nombre de résultats affichés par page (20 par défaut), migré il y a quelques mois en bas de l’écran, retrouve sa place tout en haut, aux côtés des menus permettant de modifier le format des références et le mode de tri des résultats.

L’utilisateur régulier de PubMed est coutumier de ces menus changements dans l’interface. Le formateur, lui, s’en agace parce qu’il doit refaire les copies d’écran de son support !

Statut des références

Mais l’information la plus importante de cette avant-dernière livraison du NLM Technical Bulletin se trouve à la fin et concerne la mention du statut des références indexées dans PubMed. Pour comprendre la portée de ce changement, un petit rappel s’impose.

Le site Web PubMed est une interface permettant d’interroger gratuitement Medline, une base de données bibliographiques spécialisée dans le domaine de la santé, produite et alimentée par la NLM (National Library of Medicine des États-Unis). D’ailleurs PubMed est l’abréviation de Public Access to Medline et c’est par abus de langage que le nom PubMed sert à désigner la base elle-même.

En réalité, PubMed ne se limite pas à l’interrogation de Medline et donne aussi accès à d’autres références non incluses dans Medline, et dont les principales sont :

  • des références d’articles issus des 5620 revues indexées dans Medline, venant de paraître et directement versées dans PubMed par les éditeurs, à la suite d’un accord entre ceux-ci et la NLM ;
  • des références en cours d’indexation avec les mots-clés MeSH par les bibliothécaires de la NLM ;
  • des références d’articles inclus dans PubMed Central (PMC) mais qui ne sont pas issus des 5620 revues retenues par la NLM pour figurer dans Medline.

Quelle différence y a-t-il entre les références d’articles de Medline et celles listées ci-dessus ? Elle est de taille puisque les premières sont indexées avec des termes MeSH, c’est-à-dire des mots-clés décrivant le contenu de l’article. Ceux-ci sont fort utiles à l’utilisateur pour cibler précisément sa recherche et ne pas crouler sous un nombre de résultats inexploitable, étant donné le nombre de références accessibles via PubMed : 27 millions !

Les autres références ainsi listées ne sont pas indexées avec des mots-clés MeSH :

  • soit elles ont vocation à l’être : c’est le cas des références versées par l’éditeur et en cours d’indexation, mais il existe un délai non négligeable entre la mise en ligne de la référence et l’indexation en MeSH de l’article ;
  • soit elles ne le seront en aucun cas pour ce qui est des références de PMC issues de revues non indexées dans Medline.

Ceci permet d’expliquer, d’une part, la différence entre PubMed et Medline, que l’on a trop souvent tendance à confondre, et d’autre part, la complexité de la recherche dans PubMed, puisqu’une recherche consciencieusement menée à l’aide du thésaurus MeSH ne suffit pas à récupérer l’ensemble des références pertinentes sur un sujet. Ce mode de recherche écarte en effet systématiquement les références non indexées en MeSH alors qu’il s’agit généralement des plus récentes sur le sujet.

En conséquence, une recherche exhaustive dans PubMed ne peut se contenter d’une recherche menée à partir du MeSH Database, fût-elle préparée avec les termes les plus adéquats. Elle doit nécessairement être complétée par une recherche en langage libreà la Google») pour ne pas écarter des résultats récents et pertinents. L’équipe du CISMeF (du CHU de Rouen) a fait en sorte de corriger cette difficulté puisqu’une recherche lancée depuis l’outil terminologique HeTOP ou à partir du Constructeur de Requêtes Bibliographiques Médicales dans PubMed associera au terme MeSH l’ensemble des synonymes de celui-ci.

Mais revenons à l’information délivrée par le NLM Technical Bulletin :

  • Le statut des références évoqué ci-dessus était jusqu’il y a peu indiqué au-dessous de chaque notice. On retrouvait donc les mentions [PubMed – as supplied by publisher], [PubMed-in process] et [PubMed-indexed for Meline] pour désigner respectivement : les références versées par l’éditeur, celles en cours d’indexation et celles indexées avec des mots-clés MeSH (et faisant donc partie de Medline).

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  • Désormais, seul le statut [indexed for Medline] est mentionné. Les autres statuts ne sont pas indiqués, à moins d’afficher la notice au format MEDLINE afin de visualiser le champ « STAT ».
Lors de l'affichage d'une notice, utiliser le menu déroulant "Format" pour afficher le format MEDLINE
Lors de l’affichage d’une notice, utiliser le menu déroulant « Format » pour afficher le format MEDLINE
Indication du statut Publisher (affichage MEDLINE)
Indication du statut Publisher (affichage MEDLINE)

On peut comprendre le choix de la NLM qui vise à simplifier l’affichage de PubMed et rendre plus simple son utilisation par une nouvelle génération d’usagers habitués aux interfaces Google like. On peut regretter pour des raisons de clarté – et plus encore de pédagogie – que cette information essentielle ne soit plus accessible dès l’affichage public des références.

Mais qui sait, la NLM reviendra peut-être sur ce choix et nous réserve sans doute encore quelques modifications à venir !

Pour aller plus loin

Pour aller plus loin, vous pouvez :

Benjamin Macé