PubMed : le MeSH et les concepts supplémentaires

Au moment de parcourir le MeSH Database, en préalable à l’interrogation de la base PubMed, il arrive que l’on rencontre un type de descripteur dont on ne comprend pas toujours le sens, voire l’utilité : ce sont les Supplementary concepts. Que sont donc ces «concepts supplémentaires» et à quoi peuvent-ils servir pour interroger PubMed ?

Quelques rappels sur le MeSH

Pour commencer, rappelons que le MeSH (Medical Subject Headings) est un vocabulaire contrôlé (ou thésaurus), c’est-à-dire une liste de mots-clés normalisés et hiérarchisés, utilisé pour décrire le contenu des articles référencés dans PubMed.

Le MeSH comprend (en 2016) environ 27.000 termes, répartis en 16 arborescences et couvrant l’ensemble du savoir biomédical. Concrètement, lors de la parution du numéro d’une revue indexée dans PubMed, les bibliothécaires de la NLM (la National Library of Medicine, aux États-Unis), aidés par des médecins spécialistes du domaine, attribuent à chaque référence une dizaine de mots-clés pour décrire le contenu de l’article. Ces mêmes mots-clés, employés par l’utilisateur de PubMed, permettent de cibler les documents correspondant à un sujet de recherche.

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Le MeSH est mis à jour chaque année afin de prendre en compte les évolutions de la médecine et les nouvelles découvertes scientifiques. Par exemple, devant l’impressionnante progression de l’épidémie due au virus Zika – et surtout pour prendre en compte l’augmentation de la production scientifique sur le sujet -, la NLM vient de créer deux nouveaux mots clés dédiés au virus.

L’utilisation du MeSH est vivement recommandée lors de l’interrogation de PubMed afin d’obtenir une liste de résultats exploitable et pertinente. Le MeSH est en effet associé à plusieurs options, qui permettent de bien cibler sa recherche :

  • Ajout d’un qualificatif au mot-clé MeSH (ex : diagnosis) pour préciser le sens de celui-ci ;
  • Pondération : interrogation d’articles dont le mot-clé MeSH constitue le sujet principal de l’article (Major Topic) ;
  • Explosion : interrogation à l’aide du mot-clé MeSH et des termes plus précis de l’arborescence (termes spécifiques). L’explosion a lieu par défaut lors de l’interrogation de PubMed ;
  • Association de deux descripteurs ou plus à l’aide des opérateurs booléens (AND, OR, NOT) pour élaborer des requêtes complexes.

Et les concepts supplémentaires ?

Malgré la richesse du MeSH – plus de 27.000 descripteurs, associés à 87.000 synonymes ou termes rejetés -, celui-ci ne couvre pas la totalité des notions présentes dans les articles référencés dans PubMed. En effet,  toutes les notions ne sont pas considérées par la NLM comme suffisamment traitées dans la littérature pour faire l’objet d’un mot-clé MeSH.

Il existe donc, à côté du MeSH,  un index séparé de plus de 220.000 termes : ce sont les «concepts supplémentaires». Ceux-ci servent essentiellement à décrire :

  • des substances chimiques et des médicaments ;
  • des maladies orphelines.

La mise à jour de cet index est hebdomadaire alors que celle du MeSH est annuelle.

Lors de l’interrogation du MeSH Database, ces descripteurs sont signalés par [Supplementary concept].

Chaque concept supplémentaire est rattaché (Heading Mapped To) à un ou plusieurs descripteurs MeSH. Dans le cas d’un médicament, le terme est aussi rattaché à une classe pharmacologique (Pharmacological Action), un autre type de descripteur qui permet d’interroger dans PubMed l’ensemble des médicaments rattachés à une classe pharmacologique, que ceux-ci soient retenus comme mots-clés MeSH ou comme concepts supplémentaires.

Un exemple :

apixabanL’apixaban, un nouvel anticoagulant, est un concept supplémentaire. Il est rattaché aux descripteurs MeSH Pyrazoles et Pyridones. Il appartient à la classe pharmacologique Factor Xa Inhibitors.

Un simple coup d’œil permet de voir les limites de cet index par rapport à celui des mots-clés MeSH : les termes n’appartiennent à aucune arborescence et il n’est pas possible d’utiliser les options telles que l’ajout d’un qualificatif, la pondération ou l’explosion.

En revanche, il est possible de lancer la recherche à partir du seul concept supplémentaire ou d’associer celui-ci avec un ou plusieurs termes MeSH à l’aide des opérateurs booléens.

En savoir plus

Si vous voulez en savoir plus sur les Supplementary concepts, vous pouvez vous reporter aux ressources (en anglais) disponibles sur le site de la NLM :

Et bien sûr, vous pouvez vous former à l’utilisation du MeSH et de PubMed en suivant nos formations gratuites ou en téléchargeant nos tutoriels en ligne.

Benjamin Macé

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